结论：员工自愿申请休息日加班并要求以1.5倍付薪，这一行为本身并不直接违法，但具体是否合法需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。

分析说明：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 首先，要查看员工与公司签订的劳动合同中是否有关于加班工资支付的具体约定。如果合同中明确规定了休息日加班的工资支付标准，且该标准不低于法定标准（即不低于工资的百分之二百，但此处员工提出的是1.5倍，需注意与法定标准的对比），则按照合同约定执行。不过，通常法定休息日加班工资标准是工资的200%，1.5倍可能低于这一标准，除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定且不低于法定最低标准（在特定情况下，如综合计算工时制下，休息日加班可能不按200%计算，但需符合特定条件）。
   • 其次，公司规章制度也是判断的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了休息日加班的工资支付办法，且该办法不违反法律法规的强制性规定，那么应按照规章制度执行。

2. 法律法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这是法定标准，通常情况下，公司应遵守这一标准。
   • 如果员工自愿申请休息日加班，并要求以1.5倍付薪，而这一标准低于法定标准，且没有劳动合同或公司规章制度的特别约定支持，那么公司按照1.5倍支付加班工资可能构成违法，因为未达到法定最低标准。

3. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，如果希望获得更高的加班工资，可以与公司协商，争取达到或超过法定标准。
   • 对于公司而言，应确保加班工资的支付符合法律法规的规定，避免因此产生劳动纠纷。如果员工自愿接受较低的加班工资标准，公司应谨慎处理，最好通过书面形式确认员工的这一意愿，并确保不违反法律法规的强制性规定。

特殊场景下的考虑：

• 在某些特殊情况下，如实行综合计算工时工作制的企业，其休息日加班工资的计算可能有所不同。但即便如此，也应确保加班工资的支付不低于法定最低标准，并符合相关法律法规的规定。

后续行动建议：

• 如果员工或公司对此有疑问或争议，建议直接咨询我，我会根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。
• 同时，双方也可以查阅相关的劳动法律法规，或者向当地劳动行政部门咨询，以获取更准确的信息和指导。