劳动者在法院判决不予确认劳动关系后，仍可以另案起诉单位不缴纳社保造成的损失，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 劳动关系确认是社保赔偿的前提，但非绝对障碍
   根据《社会保险法》及《劳动争议调解仲裁法》，用人单位为劳动者缴纳社保的前提是双方存在劳动关系。若法院已判决不予确认劳动关系，原则上劳动者无法直接以“单位未缴社保”为由主张行政处罚（如社保稽核补缴），但仍可能通过民事诉讼主张因未缴社保导致的实际损失赔偿。例如：因未缴医保导致无法报销的医疗费、未缴养老保险导致的养老金损失等，需劳动者举证证明损失与单位未缴社保的因果关系。

2. 另案起诉需满足以下条件：

   • 损失实际发生且可量化：如医疗费单据、养老金计算依据等；
     
   • 单位过错与损失直接相关：需证明单位未缴社保是导致损失的直接原因；
     
   • 未超过诉讼时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。
     

3. 实务建议：

   • 优先申请社保稽核补缴：若劳动关系存疑但事实劳动明显（如工资发放、考勤记录等），可向社保部门举报，要求单位补缴社保（部分地区支持事实劳动关系补缴）；
     
   • 同步准备民事赔偿证据：若稽核受阻，可另案起诉赔偿损失，需重点收集医疗记录、工资流水、单位未缴社保的证明等；
     
   • 注意程序衔接：若对劳动关系判决不服，应在15日内上诉；若已生效，需在民事赔偿诉讼中通过证据推翻原判决对劳动关系的认定（如新证据证明存在劳动关系）。
     

总结：法院不予确认劳动关系不直接剥夺劳动者主张社保损失赔偿的权利，但需通过民事诉讼路径，并满足损失实际发生、因果关系明确等条件。建议根据具体情况选择行政稽核或民事诉讼，并提前固定证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询。