结论：弄坏公司机器被扣三千是否合理，需结合具体情况判断，包括损坏原因、公司规章制度、劳动合同约定以及损失实际大小等因素。以下从不同角度进行分析：
一、从损坏原因角度分析
故意或重大过失：
- 如果员工是故意损坏公司机器，或者因重大过失导致机器损坏，公司有权根据规章制度或劳动合同的约定，要求员工承担赔偿责任。在此情况下，扣除三千元作为赔偿，如果与实际损失相符，则是合理的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。员工故意或重大过失损坏公司财产，属于侵权行为，应承担赔偿责任。
一般过失或无过错：
- 如果员工只是因一般过失导致机器损坏，或者完全无过错（如机器本身存在质量问题或老化等），则公司无权要求员工承担全部赔偿责任。在此情况下，扣除三千元可能不合理，员工有权要求公司返还部分或全部扣除的款项。
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国民法典》，如果损害是因不可抗力、受害人故意或者第三人原因造成的，行为人不承担责任。员工一般过失或无过错时，不构成侵权，不应承担赔偿责任。
二、从公司规章制度和劳动合同角度分析
规章制度合法有效：
- 如果公司规章制度中明确规定了员工损坏公司财产应承担的赔偿责任，且该规章制度经过民主程序制定、公示并告知员工，那么公司有权根据规章制度扣除员工相应款项。但扣除的金额应与实际损失相符，不得随意扩大。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或者告知劳动者。
劳动合同有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工损坏公司财产应承担的赔偿责任及赔偿方式，那么公司有权根据合同约定扣除员工相应款项。但同样，扣除的金额应与实际损失相符。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。劳动合同中关于赔偿责任的约定，属于双方协商一致的内容，具有法律效力。
三、从实际损失角度分析
- 实际损失大小：
- 公司扣除员工款项的金额应与实际损失相符。如果实际损失远小于三千元，那么公司扣除三千元则不合理，员工有权要求公司返还多余部分。
- 计算方式：实际损失通常包括机器的维修费用、更换零部件的费用以及因机器损坏导致的生产停滞等间接损失。公司应提供充分的证据证明实际损失的大小，以便员工进行核实。
建议：
- 如果您认为公司扣除的款项不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求公司提供扣除款项的依据和计算方式。
- 如果沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如损坏机器的照片、维修发票、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
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