结论：员工损坏公司东西，赔偿方式需根据具体情况确定，直接扣除基本工资通常是不合理的。以下从多个角度进行分析：
一、赔偿原则与方式
过错原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，员工因故意或重大过失损坏公司财物的，应当承担赔偿责任。若员工无过错或仅存在一般过失，则通常不承担赔偿责任。
赔偿方式：
- 赔偿方式可以多样化，包括但不限于直接赔偿现金、从工资中扣除（但需符合法律规定）、以其他财物抵偿等。
- 关键点：赔偿方式应合理且合法，不能违反劳动法律法规的强制性规定。
二、关于扣除工资的问题
基本工资的保障性：
- 基本工资是员工劳动报酬的主要组成部分，具有保障员工基本生活需要的功能。
- 直接扣除基本工资可能影响员工的生存权，因此通常不被允许。
扣除工资的合法条件：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位可以从员工工资中扣除赔偿费用，但需满足以下条件：
- 扣除金额不得超过员工当月工资的20%；
- 扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
- 需与员工协商一致，并签订书面协议（或员工在规章制度中明确同意）。
不合理扣除的后果：
- 若用人单位未经员工同意，直接扣除基本工资或扣除金额超过法定比例，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。
三、实际操作建议
协商解决：
- 发生财物损坏后，用人单位应首先与员工进行协商，明确责任归属和赔偿方式。
- 协商过程中，应充分考虑员工的实际经济状况和赔偿能力，避免过度苛责。
完善规章制度：
- 用人单位应在规章制度中明确员工损坏公司财物的赔偿标准和程序，确保有章可循。
- 规章制度应经民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保其法律效力。
依法处理：
- 若协商无果，用人单位应依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径解决纠纷。
- 在处理过程中，用人单位应保留好相关证据，如损坏财物的照片、视频、维修发票等，以证明员工的过错和损失金额。
示例：假设某员工因疏忽大意损坏了公司一台价值5000元的电脑，公司可以与员工协商，要求员工承担部分赔偿责任。若员工同意，双方可以签订书面协议，约定从员工未来几个月的工资中逐步扣除赔偿费用，但每月扣除金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
进一步思考：在实际操作中，用人单位应谨慎处理员工损坏公司财物的问题，既要维护公司的合法权益，又要充分考虑员工的实际情况和承受能力。通过协商、完善规章制度和依法处理等方式，可以更有效地解决此类纠纷。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。