医疗机构从业人员未进行健康检查的，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据违法情节的严重程度来确定。以下从不同角度对处罚措施进行详细分析：
根据《中华人民共和国传染病防治法》第七十条的规定，医疗机构未按照规定对医疗器械进行消毒，或者对按照规定一次使用的医疗器具未予销毁，再次使用的；以及未按照规定报告传染病疫情，或者隐瞒、谎报、缓报传染病疫情的；或者在医疗救治过程中未按照规定保管医学记录资料的；或者未按照规定对病人、疑似病人提供医疗救护、现场救援、接诊、转诊的，或者拒绝接受转诊的；以及未按照规定对本单位内被传染病病原体污染的场所、物品以及医疗废物实施消毒或者无害化处理的；或者未按照规定对医疗器械进行消毒，或者对按照规定一次使用的医疗器具未予销毁，再次使用的；以及在医疗救治过程中未按照规定开展必要的传染病检测检验的，若同时存在未按照规定对从业人员进行健康检查的情形，且该情形未造成严重后果的，县级以上人民政府卫生行政部门将责令限期改正，并可以处以五万元以下的罚款。若仅存在未健康检查这一违法行为，未伴随其他列举的违法行为，且未造成传染病传播、流行或者其他严重后果的，卫生行政部门同样会责令限期改正，并可能根据具体情况处以警告或罚款，罚款数额通常也会在五万元以下，具体数额由卫生行政部门根据违法情节的严重程度来裁量。
若医疗机构从业人员未进行健康检查的行为，导致传染病传播、流行，或者给患者健康造成其他严重危害后果的，卫生行政部门将依据《中华人民共和国传染病防治法》的相关规定，对医疗机构处以五万元以上五十万元以下的罚款。这一处罚幅度明显高于一般违法情节，体现了法律对严重违法行为的严厉制裁。
在医疗机构因未对从业人员进行健康检查而受到行政处罚时，直接负责的主管人员和其他直接责任人员也可能面临个人处罚。根据违法情节的严重程度，他们可能被处以降级、撤职、开除的处分，甚至可能被吊销执业证书。若构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
对于个体诊所等小型医疗机构，若其从业人员未进行健康检查，且该行为未造成严重后果的，卫生行政部门在处罚时可能会考虑其经营规模、经济承受能力等因素，适当减轻处罚力度。但这并不意味着小型医疗机构可以逃避法律责任，任何违反法律法规的行为都将受到相应的制裁。