针对“医师在未备案的医疗卫生机构执业如何处罚”的问题，我们可以从相关法律法规及实际案例中进行详细解答。

首先，根据《中华人民共和国医师法》的相关规定，医师经注册后，应在注册的医疗卫生机构中按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业。若医师未按照这些注册事项执业，例如在未备案的医疗卫生机构执业，将构成违法行为。

对于此类违法行为，根据《中华人民共和国医师法》第五十七条的规定，由县级以上人民政府卫生健康主管部门或者中医药主管部门责令改正，并给予以下处罚：

1. 警告；
2. 没收违法所得；
3. 并处一万元以上三万元以下的罚款；
4. 情节严重的，还可能被责令暂停六个月以上一年以下执业活动，甚至吊销医师执业证书。

实际案例中，如龙岩市卫健委对某药房未经备案开展诊疗活动和李某某未按照注册的执业地点执业案的处理，就体现了上述法律规定。该药房因未经备案使用李某某为患者诊断疾病、开具处方进行治疗，被处以没收违法所得及罚款的行政处罚；而李某某因未办理执业地点变更注册或多点备案手续，在该药房执业，也被处以警告及罚款的行政处罚。

因此，医师在未备案的医疗卫生机构执业是违法的，将受到卫生健康主管部门的严厉处罚。为避免此类情况发生，医师应严格遵守相关法律法规，确保在注册的医疗卫生机构中按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业。同时，患者也应提高警惕，选择正规、合法的医疗卫生机构就医，以保障自己的健康权益。