针对您提出的“使用未备案的医疗机构怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

首先，根据《医疗机构管理条例》的相关规定，任何单位或者个人，在未取得《医疗机构执业许可证》或者未经备案的情况下，是不得开展诊疗活动的。这是为了保障患者的医疗安全，防止因医疗机构不具备相应资质而导致的医疗事故。

对于未经备案而擅自开展诊疗活动的医疗机构，县级以上人民政府卫生行政部门有权进行处罚。具体处罚措施包括：责令其改正违法行为，即要求该医疗机构立即停止未经备案的诊疗活动；没收违法所得，即对该医疗机构通过未经备案的诊疗活动所获得的收入进行没收；并处以罚款，罚款金额根据违法情节的轻重，最高可达3万元。如果该医疗机构拒不改正，卫生行政部门还有权责令其停止执业活动。

以实际案例为例，某药房未经备案就使用医师为患者诊断疾病、开具处方进行治疗，这一行为违反了《医疗机构管理条例》的相关规定。龙岩市卫健委依法对该药房进行了处罚，包括没收违法所得，并处以罚款。

此外，如果医师在未经备案的医疗机构执业，或者未按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业，也会受到相应的处罚。根据《中华人民共和国医师法》的规定，医师未按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门或者中医药主管部门责令改正，给予警告，没收违法所得，并处以罚款；情节严重的，还可能被责令暂停执业活动直至吊销医师执业证书。

因此，我建议您在选择医疗机构时，一定要查看其是否具备《医疗机构执业许可证》或《诊所备案凭证》，并了解其核准登记或者备案的诊疗科目，以确保自己的医疗安全。同时，如果您发现医疗机构存在未经备案开展诊疗活动等违法行为，可以向属地卫生健康行政部门举报。