医疗机构未建立人员健康档案，将面临责令改正、警告以及罚款等处罚措施。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《医疗废物管理条例》第四十五条，医疗机构若未按照规定建立医疗废物（此处可类比理解为包括人员健康档案等医疗相关管理资料，因健康档案管理也是医疗机构规范管理的重要部分，未建立健康档案反映出管理不规范，可参照类似违规情形处理）管理制度或工作记录，县级以上地方人民政府卫生行政主管部门将责令其限期改正，给予警告；若逾期不改正，则处以2000元以上5000元以下的罚款。虽然该条例直接提及的是医疗废物管理，但医疗机构的人员健康档案管理同样属于其内部管理的重要组成部分，未建立健康档案可视为管理不规范的一种表现，在实际监管中，卫生行政部门可依据此类管理性法规的立法精神进行处罚。
   • 从更广泛的医疗机构管理法规角度来看，如《医疗机构管理条例》及其实施细则等，也强调了医疗机构应建立健全各项管理制度，包括人员管理方面的制度。未建立人员健康档案违反了这些基本的管理要求，卫生行政部门有权依据相关条款进行处罚，尽管可能没有直接针对“未建立人员健康档案”的明确罚则，但可依据“其他违反本条例规定的行为”等兜底条款进行处理，通常也是先责令改正、警告，拒不改正的则予以罚款。

2. 处罚程序：

   • 卫生行政部门在发现医疗机构未建立人员健康档案后，首先会发出责令改正通知书，要求医疗机构在规定期限内建立完善的人员健康档案。
   • 若医疗机构在规定期限内未进行改正，卫生行政部门将给予警告，并可能进一步处以罚款。

3. 实际案例与执法趋势：

   • 在实际执法过程中，卫生行政部门对于医疗机构的管理越来越严格，未建立人员健康档案等管理不规范行为很容易成为执法检查的重点。
   • 近年来，随着医疗行业监管的加强，对于此类违规行为的处罚力度也在逐渐加大，以促使医疗机构加强内部管理，保障医疗质量和安全。

建议：

• 医疗机构应高度重视人员健康档案的建立和管理，确保档案的完整性和准确性。
• 定期对档案进行自查和更新，以符合相关法规的要求。
• 若面临卫生行政部门的检查或处罚，应积极配合并主动整改，以避免更严重的法律后果。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。