中标人与招标人签订补充协议降低收益率，其合法合规性需分情况讨论：

1. 若补充协议内容未违反法律法规强制性规定，且未损害国家、集体或第三人利益：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人与中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。然而，这并不意味着合同签订后双方不能就某些条款进行协商变更。若补充协议是在平等、自愿、公平的基础上，经双方协商一致，且未违反法律法规的强制性规定，同时未损害国家、集体或第三人的利益，那么该补充协议是合法有效的。
   • 具体情形：例如，因市场环境变化、原材料价格波动等不可抗力或双方协商一致的原因，导致原合同中的收益率无法实现或需要调整，双方通过签订补充协议降低收益率，且该调整是合理的、公平的，那么这种行为是合法合规的。

2. 若补充协议内容违反法律法规强制性规定，或损害国家、集体或第三人利益：

   • 违法性分析：如果补充协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如通过降低收益率来规避税收、逃避监管等，或者损害了国家、集体或第三人的利益，如通过不正当手段降低收益率以排挤竞争对手、损害消费者权益等，那么该补充协议是无效的，甚至可能构成违法行为。
   • 具体情形：例如，招标人与中标人通过签订补充协议，以明显低于市场合理水平的收益率进行交易，意图通过这种方式来转移利润、逃避税收或进行其他不正当利益输送，这种行为就是违法违规的。

法律建议：

• 在签订补充协议前，双方应充分评估市场环境、合同履行情况等因素，确保补充协议的内容合法合规、合理公平。
• 补充协议应明确约定变更的原因、内容、期限等关键条款，并确保双方对变更内容有充分的理解和认可。
• 若涉及重大利益调整或存在争议，建议双方在签订补充协议前咨询专业律师或相关机构，以确保自身权益得到保障。

可能法律后果：

• 若补充协议合法合规，双方应按照协议约定履行义务，否则可能承担违约责任。
• 若补充协议违法违规，可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等法律后果。

如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细解答。