核心结论：经理不批癫痫员工请假申请的做法是否合理，需分情况讨论，具体如下：
若员工请假符合公司规章制度及法律规定：
- 规章制度层面：如果公司有明确的请假制度，且员工按照制度要求提交了请假申请（如提前申请、提供医生证明等），经理无正当理由拒绝批准，则属于管理不当。员工可先与经理沟通，说明自身病情及请假必要性，要求经理重新考虑；若沟通无果，可向公司人力资源部门或上级领导反映情况，寻求内部解决。
- 法律规定层面：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，用人单位应给予一定的医疗期。癫痫作为一种可能影响工作安全的疾病，员工有权在病情需要时请假休息。若经理拒绝批准且无正当理由，可能涉嫌违反劳动法规定，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
若员工请假不符合公司规章制度或存在特殊情况：
- 规章制度层面：如果公司请假制度明确规定了请假条件、流程或限制（如请假需提前一定时间申请、需提供特定证明等），而员工未满足这些条件或未遵循流程，经理有权拒绝批准。此时，员工应了解并遵守公司制度，按照要求重新提交请假申请或提供必要证明。
- 特殊情况层面：若公司正处于业务高峰期、紧急项目期间或员工岗位具有不可替代性等特殊情况，经理可能基于公司利益考虑拒绝批准请假。但即便如此，经理也应与员工充分沟通，说明情况并尝试寻找替代方案（如调整工作时间、安排临时替班等）。若员工病情确实严重且无法坚持工作，经理仍应给予合理考虑。
建议：
- 员工在请假前应详细了解公司请假制度，并按照要求准备相关证明和申请材料。
- 与经理沟通时，保持冷静和理性，说明自身病情及请假必要性，争取经理的理解和支持。
- 若内部沟通无果，可寻求公司人力资源部门或上级领导的帮助，或依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 公司也应完善请假制度，明确请假条件和流程，同时加强对员工健康的关注和保障，营造和谐的工作氛围。