年终奖不应计入应休未休年休假工资。以下从不同角度进行分析说明：
法律性质与目的
年终奖：年终奖是用人单位根据自身经营状况和员工表现，在年底或特定时间给予员工的一次性奖励。它属于劳动报酬的一部分，但并非法定必须支付的，其发放与否、发放标准等通常由用人单位与员工在劳动合同或规章制度中约定。年终奖的发放目的主要是激励员工，提高工作积极性和忠诚度。
应休未休年休假工资：根据《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，员工享有带薪年休假的权利。如果员工因工作原因未能享受年休假，用人单位应当按照员工日工资收入的300%支付应休未休年休假工资报酬（其中包含用人单位支付员工正常工作期间的工资收入）。这部分工资是对员工未能享受年休假的一种补偿，具有法定性和强制性。
计算方式与标准
年终奖的计算：年终奖的计算方式通常由用人单位自行确定，可以基于员工的绩效、工作年限、公司利润等多种因素。由于年终奖的发放具有灵活性和不确定性，因此其金额往往难以与应休未休年休假工资相提并论。
应休未休年休假工资的计算：根据法律规定，应休未休年休假工资的计算标准为员工日工资收入的300%。这里的日工资收入是指员工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。这一计算方式具有明确性和法定性，与年终奖的计算方式截然不同。
实际操作与案例
在实际操作中，年终奖和应休未休年休假工资通常是分开计算和发放的。用人单位不会将年终奖计入应休未休年休假工资中，因为这样做既不符合法律规定，也不符合年终奖的发放目的。如果用人单位试图将年终奖计入应休未休年休假工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
特殊情况说明
虽然一般情况下年终奖不应计入应休未休年休假工资，但也不能完全排除在某些特殊情况下，用人单位与员工在劳动合同或规章制度中约定将年终奖的一部分或全部作为应休未休年休假工资的补偿。然而，这种约定必须明确、合法，并且不得违反法律法规的强制性规定。如果约定不明确或违法，则该约定无效，用人单位仍需按照法律规定支付应休未休年休假工资。
综上所述，年终奖不应计入应休未休年休假工资。如果用人单位有这方面的疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。