公司辞退员工扣两个月赔偿金是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合法情形
经济补偿按工作年限计算且员工同意：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，如果公司因非员工过错（如经营需要、合同到期等）而辞退员工，应支付经济补偿。经济补偿的标准是按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资。若员工的工作年限超过1年半但不满2年，且公司提出支付2个月工资作为经济补偿，同时员工也同意这一方案，那么这种做法在双方协商一致的情况下是合法的。但通常情况下，对于工作年限超过1年半的员工，若公司合法解除劳动合同，应支付的经济补偿应接近或等于2个月工资（具体为1.5个月至2个月之间，取决于具体工作年限），若公司支付2个月工资，且员工无异议，可视为合法。不过，若严格从法定标准出发，对于工作年限未满2年的员工，支付2个月工资可能略高于法定最低标准，但只要员工接受，并不违反法律强制性规定。
违法解除的双倍赔偿中的部分情形（但直接扣两个月不直接对应此情形）：
- 若公司违反法律规定解除或终止劳动合同（如无正当理由辞退员工），则需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。但此情形下，直接扣两个月赔偿金并不直接对应，因为赔偿金的具体数额需根据员工工作年限和月工资来计算。不过，若员工工作年限较短（如接近1年），其正常经济补偿可能接近1个月工资，双倍则接近2个月工资，但这种情况下的“扣两个月”更多是指赔偿金的总额，而非从员工应得中扣除。
不合法情形
工作年限与赔偿不符且无法律依据：
- 如果员工的工作年限较短（如不满1年半），且公司合法解除劳动合同，按照法定标准计算的经济补偿应少于2个月工资。若公司此时“扣”两个月工资作为赔偿（即实际支付少于应得或从应得中扣除），且无法律依据或员工不同意，则这种做法是不合法的。但更常见的表述是公司应支付的经济补偿少于2个月，而非“扣”两个月。若理解为公司实际支付的经济补偿少于法定标准且声称“扣”了两个月（即本应支付更多但少支付了），则显然不合法。
无需支付补偿的情形下扣除：
- 根据《劳动合同法》第三十九条的规定，如果员工存在严重违反用人单位规章制度、严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害等情形，公司可以解除劳动合同且无需支付经济补偿。在这种情况下，如果公司仍然“扣”两个月工资作为赔偿（即实际从员工应得中扣除或要求员工支付），则是对法律规定的错误适用，属于不合法行为。
未遵循法定程序或特别约定：
- 如果公司与员工之间签订了特别的协议或合同，其中对辞退和赔偿有明确的约定，那么双方应遵循这些约定。若公司未遵循约定而“扣”两个月工资作为赔偿，则可能构成不合法行为。此外，若公司解除劳动合同未遵循法定程序（如未提前通知、未支付经济补偿等），也可能导致“扣”工资的行为不合法。
结论与建议
- 结论：公司辞退员工“扣”两个月赔偿金是否合法，取决于员工的工作年限、被辞退的原因、双方是否存在特别约定以及公司是否遵循了法定程序等多个因素。
- 建议：公司在辞退员工并支付赔偿前，应仔细审查相关法律规定和合同条款，确保操作的合法性。员工也应了解自己的权益和义务，在遭遇不当辞退或赔偿不公时，及时寻求法律援助或向我咨询。若公司确实存在违法行为，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
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