用人单位扣两个月工资是不合法的。以下是从多个角度进行的详细分析：

法律依据

根据我国《劳动法》第五十条的明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定确立了工资支付的基本原则，即工资支付周期不能超过一个月。用人单位扣两个月工资的行为明显违反了该规定，侵害了劳动者的合法权益。

工资支付周期与拖欠工资

工资支付周期是法律明确规定的，旨在保障劳动者的基本生活需求。用人单位必须按照约定的日期支付工资，如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。这再次确认了工资至少每月支付一次的原则。用人单位无故拖欠工资，包括扣两个月工资，都是违法的。

特殊情况的考量

尽管在某些特殊情况下，如因不可抗力导致企业资金周转困难，且经过法定程序（如向劳动行政部门报告等），延迟支付工资可能具有一定合理性，但这并不意味着用人单位可以随意扣两个月工资。即使存在特殊情况，用人单位也需要及时补发工资，并确保不违反相关法律法规的规定。此外，特殊情况下的延迟支付也需经过法定程序，并非用人单位单方面可以决定。

劳动者的权益保护

如果用人单位存在故意压员工工资的情况，劳动者有权通过合法途径维护自己的权益。具体来说，劳动者可以采取以下措施：

1. 向劳动监察部门投诉：劳动者可以要求用人单位限期支付工资，劳动监察部门会对此进行调查，并根据调查结果责令用人单位改正违法行为。如果用人单位逾期不支付，劳动监察部门还可以责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

2. 申请劳动仲裁：如果用人单位拒绝支付拖欠的工资，劳动者可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。劳动仲裁机构将依法进行裁决，保障劳动者的合法权益。

实际建议

• 保留证据：劳动者在遇到用人单位扣工资的情况时，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在维权时提供有力支持。
• 及时沟通：劳动者可以先与用人单位进行沟通，了解扣工资的具体原因，并尝试协商解决。如果沟通无果，再考虑采取法律手段维权。
• 寻求法律援助：如果劳动者对法律程序不熟悉或担心自己无法有效维权，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

综上所述，用人单位扣两个月工资是不合法的，严重侵害了劳动者的合法权益。劳动者应当积极了解自己的权益，并在遇到类似情况时勇敢站出来维权。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。