结论：公司扣两个月工资的行为一般是不合法的，但具体还需根据实际情况和法律规定来判断。
分析：
从劳动合同法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，公司应当按照约定的时间和金额支付工资，不得随意扣减。
- 如果公司扣减工资，必须有合法的理由，如劳动者违反公司规章制度、给公司造成损失等，并且需要按照法定程序进行，如提前告知劳动者、提供扣减工资的书面证明等。
从实际扣减情况的角度：
- 如果公司没有合法理由，或者没有按照法定程序扣减工资，那么这种行为就是违法的。劳动者有权要求公司补发被扣减的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 具体到你的情况，干了5个月公司扣两个月工资，这显然超出了正常扣减的范围。除非公司能提供充分的证据证明你存在严重违反公司规章制度或给公司造成重大损失的情况，并且已经按照法定程序进行了处理，否则这种扣减行为是不合法的。
从劳动者权益保护的角度：
- 作为劳动者，你有权获得应得的劳动报酬。如果公司扣减工资，你可以先与公司进行协商，要求补发工资。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 首先，与公司进行沟通，了解扣减工资的具体原因和依据。如果公司无法提供合法理由或未按法定程序处理，你可以明确表示反对并要求补发工资。
- 如果公司拒绝补发工资，你可以向当地的劳动监察部门投诉，提供相关证据（如劳动合同、工资条、扣减工资的书面通知等）来支持你的主张。
- 你也可以考虑申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，你需要准备充分的证据来证明公司的违法行为以及你因此遭受的损失。
可能后果：
- 如果公司被认定存在违法行为，可能会被要求补发工资、支付赔偿金等。
- 同时，公司的违法行为也可能会受到劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
总之，公司扣两个月工资的行为一般是不合法的。如果你遇到这种情况，建议先与公司进行沟通协商，如果无果则及时采取法律措施来维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。