结论前置：上班发现怀孕然后流产了，申请流产津贴到账后辞职，这一行为本身并不违法。但具体是否违法还需结合辞职的具体原因、流程以及是否违反了与用人单位之间的相关约定或法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、流产津贴的申请与领取

流产津贴是女职工因流产而享受的生育保险待遇之一，其申请与领取通常遵循一定的流程和规定。根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工流产或计划生育手术前，由用人单位或街道、镇劳动保障服务站工作人员携带申报材料到区社会劳动保险处生育保险窗口办理待遇结算；审核通过后，女职工可以领取流产津贴。这一过程中，女职工的辞职行为并不影响其已经申请并领取流产津贴的合法性。

二、辞职的合法性

1. 辞职权利：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者享有辞职的权利。劳动者可以提前三十日以书面形式通知用人单位，解除劳动合同。在试用期内，劳动者可以提前三日通知用人单位解除劳动合同。因此，从法律层面讲，女职工在领取流产津贴后辞职，是其行使辞职权利的表现，并不违法。

2. 辞职原因与流程：虽然辞职本身不违法，但辞职的原因和流程可能影响其合法性。如果女职工因个人原因辞职，且按照法律法规和用人单位的规定提前通知了用人单位，那么其辞职行为是合法的。然而，如果女职工因用人单位的违法行为（如拖欠工资、未提供劳动保护等）而辞职，那么其辞职行为不仅合法，还可能构成对用人单位的合法抗辩，甚至有权要求用人单位支付经济补偿。

3. 违反约定或规定的情形：如果女职工与用人单位之间有特别的约定或规定（如服务期协议、竞业限制协议等），且辞职行为违反了这些约定或规定，那么女职工可能需要承担相应的违约责任。但这种情况下的违法性并非源于辞职行为本身，而是源于违反了与用人单位之间的特别约定或规定。

三、综合判断与建议

1. 综合判断：上班发现怀孕然后流产了，申请流产津贴到账后辞职，这一行为本身并不违法。但具体是否违法还需结合辞职的具体原因、流程以及是否违反了与用人单位之间的相关约定或法律法规来综合判断。

2. 建议：

   • 在辞职前，女职工应仔细阅读与用人单位签订的劳动合同以及相关法律法规，确保自己的辞职行为不违反任何约定或规定。
   • 如果女职工因用人单位的违法行为而辞职，建议收集相关证据（如工资条、工作记录、沟通记录等），以便在必要时维护自己的合法权益。
   • 在辞职过程中，女职工应按照法律法规和用人单位的规定提前通知用人单位，并办理好相关离职手续，以避免不必要的纠纷。

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