结论：单位在员工流产已申请生育津贴的情况下，不给基本工资的行为一般是不合法的。
分析如下：
生育津贴与基本工资的关系：
- 生育津贴是国家法律、法规规定对职业妇女因生育而离开工作岗位期间，给予的生活费用。其目的在于保障女职工在生育期间的基本生活需要。
- 基本工资是劳动者与用人单位在劳动合同中约定的，劳动者在正常工作时间内应得的报酬。
- 在女职工流产期间，虽然她可能无法正常工作，但根据相关法律法规，她仍然有权获得一定的经济保障，这通常包括生育津贴。然而，生育津贴并不完全等同于基本工资，它们各自有不同的目的和计算方式。但关键在于，生育津贴并不替代基本工资，除非劳动合同或集体合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。
法律法规的规定：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在怀孕、流产等情况下，享有相应的产假和待遇。这些待遇通常包括生育津贴和可能的医疗费用报销等。
- 同时，法律法规也保护劳动者在产假期间的工资待遇不受不合理降低。如果单位在女职工流产期间只支付生育津贴而不支付基本工资，且没有合理的合同依据或法律法规支持，那么这种行为可能构成违法。
单位的义务与责任：
- 单位作为雇主，有义务遵守国家法律法规，保障女职工的合法权益。这包括在女职工流产期间支付应得的基本工资（除非有合法合理的替代安排）。
- 如果单位违反相关法律法规，女职工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
建议：
- 与单位协商：首先，建议女职工与单位进行友好协商，明确流产期间的工资待遇问题。如果单位能够认识到其义务并主动支付基本工资，那么问题将得到妥善解决。
- 寻求法律援助：如果协商无果，女职工可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我），了解自己的权益和可行的法律途径。
- 投诉与维权：在必要时，女职工可以向当地劳动监察部门投诉单位的违法行为，并依法维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果单位被认定存在违法行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 同时，单位还可能需要承担因违法行为给女职工造成的经济损失赔偿责任。
总之，单位在员工流产已申请生育津贴的情况下不给基本工资的行为一般是不合法的。女职工应了解自己的权益并积极维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。