医生在医院感染水痘，单位扣工资一般是不合法的，但具体还需分情况讨论：
一、从劳动法角度分析
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在患病或者非因工负伤，需要停止工作医疗时，用人单位应当根据劳动者实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期，并在医疗期内支付病假工资或者疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。水痘作为一种传染性疾病，医生在医院感染水痘，属于患病情形，应当享受相应的医疗期和病假工资待遇。
若医生处于医疗期内：
- 用人单位不得随意解除劳动合同，也不得扣减工资。如果单位扣减工资，医生有权向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。
若医生医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的：
- 用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但在此之前，单位仍需支付医生在医疗期内的病假工资。
二、从医院内部管理规定角度分析
虽然劳动法为劳动者提供了基本的保障，但医院作为用人单位，也可能制定有内部的管理规定。然而，这些规定不得与法律法规相抵触。
若医院内部规定与劳动法相符：
- 即规定医生在患病期间享受医疗期和病假工资，那么医院应当按照规定执行，不得扣减工资。
若医院内部规定与劳动法相悖：
- 如规定医生患病期间扣减工资，那么该规定是无效的，医生有权拒绝执行，并可以通过法律途径维护自己的权益。
三、特殊情况分析
若医生因故意或重大过失导致感染水痘：
- 例如，医生明知自己未接种水痘疫苗且处于水痘高发环境，仍故意不采取防护措施，导致感染水痘。在这种情况下，虽然法律上可能仍保障医生的医疗期和病假工资，但医院可能根据内部规定对医生进行一定的纪律处分或绩效扣减。然而，这种处分或扣减应当合理且合法，不得超出法律法规和内部规定的范围。
若医生感染水痘后未及时报告或隐瞒病情：
- 这可能导致水痘在医院内传播，给其他患者和医护人员带来风险。在这种情况下，医院可能根据内部规定对医生进行更严厉的处分，甚至解除劳动合同。但同样，这种处分应当基于合法合理的依据，并遵循相应的程序。
建议：
- 医生在感染水痘后，应及时向医院报告，并按照医院的要求进行治疗和隔离。
- 同时，医生应了解自己的权益和义务，确保医院在处理此事时遵守法律法规和内部规定。
- 如果医生认为自己的权益受到侵害，可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。
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