合同制员工不按流程办理业务是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司内部流程不违反法律法规，且员工明知流程仍故意违反：

   • 法律背景：公司内部的规章制度，在不违反国家法律法规的前提下，对员工具有约束力。员工应当遵守公司制定的合理流程进行业务操作。
   • 法律后果：若员工故意违反公司流程，且该流程不违反法律法规，员工可能面临公司内部的纪律处分，如警告、罚款、降职甚至解雇。但此行为本身不直接构成违法，除非因违反流程导致公司或他人遭受重大损失，且员工存在故意或重大过失，可能涉及民事赔偿或更严重的法律责任。

2. 若公司内部流程违反法律法规，员工不按流程办理业务：

   • 法律背景：公司制定的流程若违反国家法律法规，则该流程无效，员工无需遵守。员工有义务遵守国家法律法规，而非公司违法的内部规定。
   • 法律后果：在此情况下，员工不按违法流程办理业务，不仅不违法，反而可能是履行其法律义务的表现。若员工因拒绝执行违法流程而遭受公司不公正对待，员工有权依法维权，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

3. 若员工因疏忽或无知未按流程办理业务：

   • 法律背景：员工若因疏忽或对公司流程不熟悉而未按流程办理业务，且该流程不违反法律法规，员工可能因未尽到合理注意义务而承担一定责任。
   • 法律后果：员工可能面临公司内部的纪律处分，但通常不会直接构成违法。然而，若因员工疏忽导致公司或他人遭受损失，员工可能需根据具体情况承担一定的民事赔偿责任。

建议：

• 对于公司而言，应确保内部流程合法合规，并对员工进行充分培训，确保员工熟悉并遵守流程。
• 对于员工而言，应认真了解并遵守公司合法合规的流程，若对流程有疑问或发现流程违法，应及时向公司反馈或寻求法律帮助。
• 若因流程问题产生纠纷，建议双方首先通过协商解决；协商不成，可依法向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，甚至通过诉讼途径解决。

总结：合同制员工不按流程办理业务是否违法，取决于公司流程的合法性以及员工的行为性质。在大多数情况下，员工违反公司合法流程可能面临内部纪律处分，但不直接构成违法；若公司流程违法，员工拒绝执行则可能是履行法律义务的表现。如有具体法律问题，可直接向我咨询。