核心结论：若入职时公司实行的不定时工作制已过期，您在离职时可根据实际情况，从以下角度维护自身权益。

1. 核实不定时工作制合法性及过期影响

   • 合法性审查：根据《劳动法》第三十九条，企业实行不定时工作制需经劳动行政部门批准，并在批复有效期内执行。您可要求公司出示有效期内的审批文件（如《企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制审批表》）。若公司无法提供或批复已过期，则其单方面实行不定时工作制的行为可能违法。
   • 过期后果：若批复过期后公司未续办，您的工作时间应恢复为标准工时制（每日8小时、每周40小时）。此时公司若仍按不定时工作制安排工作（如无固定休息日、未支付加班费），可能构成违法延长工作时间，您有权拒绝并主张权益。

2. 离职时主张加班费或补偿

   • 标准工时制下的加班费：若不定时工作制批复过期后，您实际按标准工时制工作但未获加班费（如休息日、法定节假日加班），可依据《劳动法》第四十四条，要求公司按以下标准支付加班费：
     • 休息日加班：不低于工资的200%；
     • 法定节假日加班：不低于工资的300%。
   • 不定时工作制下的例外：根据《工资支付暂行规定》第十三条，实行不定时工作制的劳动者，不适用加班费规定（但法定节假日工作可能仍需支付300%工资，具体以地方规定为准）。若公司批复过期后仍以“不定时工作制”为由拒付加班费，您可主张其行为无效，要求补发。

3. 离职程序与证据固定

   • 离职手续：按公司规定办理离职交接，但需在离职文件中明确注明“因公司不定时工作制批复过期，主张相关权益”（如加班费、经济补偿等），避免口头协商无记录。
   • 证据收集：保留以下材料以备维权：
     • 劳动合同（约定工作制的条款）；
     • 公司不定时工作制批复文件（复印件或照片）；
     • 考勤记录（如打卡记录、排班表）；
     • 加班通知或工作安排记录（如微信、邮件）；
     • 工资条（核对加班费是否发放）。

4. 维权途径

   • 协商：与公司沟通，要求补发加班费或补偿，保留书面协商记录（如邮件、聊天记录）。
   • 投诉：向当地劳动监察大队举报公司违法延长工作时间或拒付加班费，提交证据材料。
   • 仲裁/诉讼：若协商、投诉无果，可在离职后1年内申请劳动仲裁，主张加班费、经济补偿等；对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

温馨提示：不定时工作制批复过期后，公司无权单方面延续该制度。您可根据实际工作时间性质（标准工时或不定时），结合证据材料，选择合适方式主张权益。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。