关于您提出的“劳动合同单位、发工资单位和缴纳社保单位不一致是否合法”的问题，这是一个涉及劳动者权益保障和用人单位合规运营的重要议题。以下是对此问题的详细分析：

一、核心结论

劳动合同单位、发工资单位和缴纳社保单位原则上应保持一致，以确保劳动者的合法权益和用人单位的合法运营。不一致的情况可能引发一系列法律问题和风险，因此建议各方务必规范操作，及时整改不一致情况。

二、不一致的可能原因

1. 集团公司内部调动：在大型集团公司中，员工可能因内部调动而与不同子公司签订劳动合同，但工资发放和社保缴纳可能由另一子公司或总公司负责。
2. 劳务派遣关系：在劳务派遣中，劳动者与劳务派遣单位签订合同，但在用工单位工作，这可能导致社保缴纳主体与劳动合同单位不一致。
3. 委托第三方代缴：部分企业为简化流程，可能委托第三方机构代缴社保，这也可能导致合同单位与社保缴纳单位不一致。

三、对劳动者的影响

1. 权益保障受损：不一致可能导致劳动者在工伤认定、失业保险申领、社保待遇享受等方面遇到困难，甚至无法享受到完整的社保待遇。
2. 劳动纠纷处理复杂：在工资支付、经济补偿等纠纷中，责任主体难以确定，增加劳动者的维权难度和时间成本。

四、对用人单位的法律风险

1. 行政处罚风险：根据《社会保险法》等法规，用人单位需自行申报并按时足额缴纳社保费。不一致情况可能面临责令改正、罚款等行政处罚。
2. 劳动纠纷风险：社保缴纳问题易引发劳动者不满，可能导致解除劳动合同并要求经济补偿的纠纷，增加用人单位的诉讼成本和声誉风险。

五、解决建议

1. 规范操作：用人单位应严格遵守法律法规，确保签订劳动合同的单位依法为劳动者缴纳社保，避免随意变更社保缴纳主体或委托第三方代缴。
2. 及时整改：对于已存在的不一致情况，用人单位应立即进行整改，通过变更劳动合同、调整社保缴纳主体等方式使两者保持一致。
3. 明确各方责任：在集团公司内部调动或劳务派遣等情况下，应通过书面协议明确各方在社保缴纳、劳动者权益保障等方面的责任和义务。
4. 加强沟通与监督：劳动者应主动与用人单位沟通，了解社保缴纳情况。如发现不一致或违规行为，可向当地劳动监察部门投诉举报以维护自身权益。同时，用人单位也应加强内部监督，确保社保缴纳的合规性。

综上所述，劳动合同单位、发工资单位和缴纳社保单位应保持一致是确保劳动者权益和用人单位合法运营的重要前提。各方应共同努力，规范操作，及时整改不一致情况，以构建和谐的劳动关系和社会环境。