医院仅发放工资的一半，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、劳动合同与工资支付规定
劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中应当明确约定工资支付的标准、方式、时间等关键条款。
- 若劳动合同中明确约定了工资的具体数额，且医院仅支付一半，则医院的行为显然违反了劳动合同的约定，属于违法行为。
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定的日期支付工资，如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
- 若医院无正当理由，未按照劳动合同约定的日期和数额支付工资，包括仅支付一半工资，则医院的行为违反了工资支付规定，劳动者有权要求医院补足工资差额，并可能依法追究医院的法律责任。
二、特殊情况下的工资支付
劳动者原因导致的工资扣减：
- 在某些特殊情况下，如劳动者因自身原因（如旷工、迟到、早退等）导致工资扣减，医院可能根据规章制度或劳动合同的约定，对劳动者的工资进行相应扣减。
- 但这种扣减应当有明确的规章制度或劳动合同约定作为依据，且扣减的数额应当合理，不能随意扣减劳动者工资的一半。若医院无正当理由或扣减数额不合理，则可能构成违法行为。
医院经营困难或特殊情况下的工资调整：
- 在医院经营困难或遇到特殊情况（如疫情、自然灾害等）时，医院可能面临资金压力，需要调整工资支付标准。
- 但这种调整应当与劳动者进行协商，并达成一致意见。若医院未经协商单方面决定仅支付一半工资，则可能违反了劳动法的相关规定。劳动者有权要求医院按照原劳动合同约定的标准支付工资，或就工资调整进行协商并达成新的协议。
三、法律建议与维权途径
与医院协商：
- 若劳动者发现医院仅支付了一半工资，首先可以尝试与医院进行协商，了解原因并要求医院补足工资差额。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对医院的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若劳动监察部门未能解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，要求医院承担法律责任并补足工资差额。
总结来说，医院仅发放工资的一半是否合法，需根据劳动合同的约定、工资支付规定以及特殊情况下的工资调整等因素进行综合判断。若医院无正当理由或违反相关规定仅支付一半工资，则构成违法行为，劳动者有权要求医院补足工资差额并依法追究医院的法律责任。若您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会为您提供更具体的法律建议和维权途径。