结论：公司员工持医院住院证明，公司仅发放正常工薪的一半，这一做法是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若员工因住院无法工作且非因工负伤，公司应支付病假工资，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，若低于此标准则不合法；若员工因工负伤住院，公司应按工伤保险相关规定支付停工留薪期工资，若支付一半工资则不合法。
一、非因工负伤住院的情况
法律依据：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关劳动法规，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。
- 在医疗期内，企业应支付员工病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
分析：
- 若员工持医院住院证明，且属于非因工负伤的情况，公司应按照上述规定支付病假工资。
- 如果公司仅支付正常工薪的一半，且这一数额低于当地最低工资标准的80%，则公司的做法不合法。
- 如果公司支付的工资虽然低于正常工薪，但高于或等于当地最低工资标准的80%，则公司的做法在法律上可能被视为合法，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同以及地方性法规进行判断。
二、因工负伤住院的情况
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》的规定，员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
分析：
- 若员工因工负伤住院，公司应按照上述规定支付停工留薪期工资，即原工资福利待遇不变。
- 如果公司仅支付正常工薪的一半，显然违反了《工伤保险条例》的规定，因此公司的做法不合法。
三、建议与后续行动
与公司沟通：
- 员工可以首先与公司沟通，了解公司支付一半工资的具体原因和依据。
- 如果公司无法提供合理的解释或依据，员工可以进一步采取法律措施。
咨询劳动监察部门：
- 员工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求帮助和指导。
- 劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果与公司沟通无果，且劳动监察部门未能解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对仲裁裁决不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总结：公司员工持医院住院证明，公司仅发放正常工薪的一半是否合法，需根据员工住院的具体原因（非因工负伤还是因工负伤）以及公司支付的工资是否低于当地最低工资标准的80%来判断。若公司行为违法，员工应积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。