结论前置：公司规定旷工三天当自离，但仍要求你去办离职手续，这主要是出于法律程序、权益保障和公司管理等多方面的考虑。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律程序与规定
法律并未明确规定旷工天数与离职的关系：
- 劳动法并未直接规定旷工多少天就必须办理离职手续。旷工行为本质上是员工违反了用人单位的劳动纪律，但具体处理方式需依据公司规章制度和劳动合同的约定。
公司规章制度需合法合规：
- 若公司规章制度中明确规定了旷工三天属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度已经过民主程序制定且向劳动者公示，那么公司有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项的规定，以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同。但即便如此，公司仍需履行一定的法定程序，如通知工会、出具解除劳动合同的证明等。
二、权益保障与离职手续
工资结算与社保公积金：
- 办理离职手续是确保工资准确结算的关键环节。通过正规流程，你可以明确工资数额、支付时间和方式，避免公司拖延或克扣工资。
- 离职后，公司需为你办理社保和公积金减员手续。未办理离职手续可能导致这些费用继续在原单位缴纳，影响你新单位的缴纳，甚至产生不必要的经济损失。
离职证明与档案转移：
- 离职证明是劳动者再次就业、办理失业登记等手续的必备文件。未办理离职手续可能导致原单位拒绝开具离职证明，进而影响你的再就业。
- 对于有档案管理需求的单位，离职后需及时转移档案。未办理离职手续可能导致档案无法及时转出，影响职称评定、工龄计算等重要事项。
三、公司管理与实际操作
公司管理需要：
- 即使公司规定旷工三天当自离，但出于公司管理的需要，公司可能仍希望与你进行正式的离职面谈，了解你离职的原因和意见，以便改进公司管理。
- 同时，公司也需要确保你已妥善交接工作，避免因你的突然离职给公司带来不必要的损失。
避免潜在法律风险：
- 若公司未依法办理离职手续，如未出具解除劳动合同的证明、未办理社保和公积金减员手续等，可能面临法律风险。因此，公司要求你办理离职手续也是为了规避这些潜在的法律风险。
四、建议与行动
主动与公司联系：
- 无论公司是否视为你自动离职，都建议你主动与公司联系并办理离职手续。这不仅可以确保你的权益得到保障，还可以避免潜在的法律风险和纠纷。
了解公司规章制度：
- 在办理离职手续前，建议你先了解公司的规章制度和劳动合同中关于旷工和离职的相关规定。这有助于你更好地理解公司的处理决定，并明确自己的权益和义务。
保留相关证据：
- 在办理离职手续过程中，建议你保留好相关证据，如离职证明、工资结算单、社保和公积金缴纳记录等。这些证据在将来可能对你维护自身权益有所帮助。
总结：公司规定旷工三天当自离，但仍要求你去办离职手续，是出于法律程序、权益保障和公司管理等多方面的考虑。作为劳动者，你应该主动与公司联系并办理离职手续，以确保自身权益得到保障，并避免潜在的法律风险和纠纷。如果你对离职事宜有疑问或争议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。