在签订协商解除劳动合同后，公司通常不应再要求劳动者单独提交离职申请，但具体是否需要提交应依据公司的内部规定和双方的协商情况来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、协商解除劳动合同的本质与离职申请的区别
协商解除劳动合同是用人单位与劳动者通过平等协商，就解除劳动合同的相关事宜达成一致意见的过程。这种解除方式强调双方的合意，一旦双方签订协商解除劳动合同协议，并明确约定了解除的时间、补偿等关键条款，该协议即具有法律效力，双方需按约履行。
而离职申请一般是劳动者单方面向用人单位提出离职的意思表示，它不同于协商解除劳动合同中的双方合意。在协商解除劳动合同的情境下，劳动者已经通过协议与用人单位就解除事宜达成了一致，因此无需再单独提交离职申请。
二、公司要求提交离职申请的可能原因及应对
公司内部管理流程需要：
- 某些公司可能出于内部管理流程和档案记录的需要，要求劳动者在协商解除劳动合同后提交离职申请。这种情况下，劳动者可以按照公司要求提交，但应在申请中明确注明是基于协商一致解除劳动合同，以避免产生误解。
公司对协商解除协议的理解有误：
- 也有可能公司对协商解除劳动合同的法律性质理解不够准确，误以为还需要劳动者提交离职申请才能完成解除手续。此时，劳动者可以与公司进行沟通，解释协商解除协议的法律效力，以及无需再提交离职申请的原因。
三、法律风险与应对措施
劳动者角度：
- 风险：如果劳动者在签订协商解除劳动合同协议后，又按照公司要求提交了离职申请，并注明了个人原因离职，这可能会引发法律纠纷。因为双方的权利义务已经通过协商解除协议确定，后续的单方变更（如将协商解除变为个人原因离职）可能构成违约，导致劳动者失去原本应得的经济补偿。
- 措施：劳动者在签订协商解除协议前，应仔细阅读条款，确保权益得到保障。如果公司要求提交离职申请，劳动者可以在申请中明确注明是基于协商一致解除劳动合同，并保留好协商解除协议作为证据。如有特殊情况需变更离职原因，应及时与公司沟通协商，争取达成一致意见，并签订补充或变更协议。
公司角度：
- 风险：如果公司坚持要求劳动者在签订协商解除协议后提交离职申请，并因此引发法律纠纷，公司可能面临支付额外经济补偿或承担其他法律责任的风险。
- 措施：公司应加强对协商解除劳动合同法律性质的理解，明确协商解除协议的法律效力。在要求劳动者提交离职申请时，应明确告知劳动者提交申请的目的和注意事项，避免引发误解和法律纠纷。
四、实际操作建议
明确双方权责：
- 在协商解除劳动合同的过程中，双方应就解除的具体事宜进行明确约定，并以书面形式予以确认。这是保障双方权益的关键步骤。
保留证据：
- 无论是否需要提交离职申请，双方都应保留好协商解除协议、工作交接记录、经济补偿支付凭证等证据，以应对潜在的法律纠纷。
及时沟通：
- 如有疑问或不明确之处，劳动者应及时与公司沟通，明确权责归属，避免后续纠纷。
总之，在签订协商解除劳动合同后，公司通常不应再要求劳动者单独提交离职申请。但具体是否需要提交应依据公司的内部规定和双方的协商情况来确定。无论如何，双方都应确保协商结果的明确性和书面化，以保障各自的权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。