结论：公司因你中午吃饭时间未打卡但实际上班而开除你，这一行为是否合法需视具体情况而定，但通常情况下，仅凭未打卡这一行为并不足以成为公司合法开除你的理由。
一、从公司规章制度的角度分析
规章制度需合法合理：
- 公司的规章制度必须符合国家法律法规的规定，且内容需合理。如果规章制度中明确规定了打卡是员工必须遵守的义务，并且未打卡将视为旷工或严重违反公司纪律，那么公司有权依据规章制度进行处理。
- 但规章制度不能过于严苛或不合理，例如，不能因为一次未打卡就直接开除员工，这可能被视为过度惩罚。
规章制度需公示或告知：
- 公司的规章制度必须经过公示或告知员工，员工才能受到其约束。如果公司未将规章制度告知你，或者你未签署确认知晓规章制度，那么公司不能仅凭规章制度来开除你。
二、从实际工作情况的角度分析
实际工作表现：
- 如果你实际上已经上班，并且完成了工作任务，那么未打卡可能只是一个小疏忽。在这种情况下，公司应该首先与你进行沟通，了解未打卡的原因，而不是直接开除你。
证据收集：
- 如果你能提供证据证明你实际上已经上班，例如同事的证言、工作记录等，那么这将有助于你反驳公司的开除决定。
三、从法律规定的角度分析
合法解除劳动合同的条件：
- 根据《劳动合同法》的规定，公司解除劳动合同必须符合法定条件，如员工严重违反公司纪律、不能胜任工作等。仅凭未打卡这一行为，并不足以构成公司合法解除劳动合同的理由。
违法解除劳动合同的后果：
- 如果公司违法解除劳动合同，你需要承担举证责任，证明公司解除行为违法，那么你有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。
四、建议与措施
与公司沟通：
- 首先，你可以尝试与公司进行沟通，解释未打卡的原因，并表达你实际上已经上班的事实。如果公司愿意听取你的解释并撤销开除决定，那么问题将得到妥善解决。
申请劳动仲裁：
- 如果公司坚持开除你，并且你认为这一行为违法，那么你可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，如果你感到困惑或无助，可以寻求我的法律援助。我可以为你提供专业的法律建议和帮助。
总结：公司因你中午吃饭时间未打卡但实际上班而开除你，这一行为是否合法需视具体情况而定。但通常情况下，仅凭未打卡这一行为并不足以成为公司合法开除你的理由。如果你认为公司的开除行为违法，可以与公司沟通、申请劳动仲裁或寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。