关于公司借款给别的公司，还款时备注为往来款是否有问题，需分情况讨论：

1. 若借款与还款性质明确，且往来款备注不影响实际法律关系：

   • 在公司间借款并还款的情境中，如果双方对借款事实、金额、还款期限等均有明确约定，并且还款时备注的“往来款”实际上就是对该笔借款的偿还，那么这种备注方式在法律上通常不会引发问题。因为法律关系的关键在于双方的实际行为和真实意思表示，而非单纯的备注或名称。
   • 建议：为避免潜在纠纷，双方可在借款合同中明确约定还款时的备注方式或要求，以确保还款的准确性和可追溯性。

2. 若借款与还款性质不明确，或往来款备注可能掩盖真实法律关系：

   • 如果借款与还款的性质在合同中不明确，或者还款时备注的“往来款”可能掩盖真实的借款关系（例如，试图通过往来款的形式规避税收、监管或法律责任），则可能引发法律问题。税务机关、监管机构或法院在审查相关交易时，可能会要求双方提供充分的证据来证明交易的真实性和合法性。
   • 法律后果：若被认定为试图掩盖真实法律关系，可能面临税务处罚、行政处罚或民事责任。例如，税务机关可能对未正确申报的税收进行补征和罚款；法院可能认定交易无效或要求双方承担违约责任。
   • 建议：公司应确保所有交易均符合法律法规的要求，并真实、准确地记录交易性质和金额。在借款和还款时，应明确标注交易性质，并保留相关证据以备查验。

3. 从税务和财务合规角度考虑：

   • 税务和财务合规要求公司准确记录和报告所有交易。如果还款时备注为“往来款”而实际上是对借款的偿还，但公司在税务和财务报告中未正确反映这一交易性质，可能引发税务和财务合规问题。
   • 建议：公司应建立健全的内部控制和财务管理制度，确保所有交易均得到准确记录和报告。在借款和还款时，应与税务和财务部门沟通并确认正确的记录方式。

总结与建议：

• 公司借款给别的公司并还款时，备注为“往来款”是否有问题取决于交易的实际性质和双方的约定。
• 为避免潜在纠纷和法律风险，公司应确保所有交易均符合法律法规的要求，并真实、准确地记录交易性质和金额。
• 在借款和还款时，建议与对方明确约定还款的备注方式或要求，并保留相关证据以备查验。
• 如有任何疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师或税务顾问以获取准确指导。

如有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。