结论前置：公对公转账中，对方公司以借款名义打入款项，还款时备注了“往来”，这一备注本身通常不会直接产生重大不利影响，但具体影响需结合转账背景、双方约定及财务处理方式综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、从法律关系角度分析

1. 借款关系的认定：

   • 若双方明确约定了借款关系，包括借款金额、期限、利率等要素，且款项实际用于借款目的，则还款时备注“往来”通常不会改变借款关系的本质。
   • 备注“往来”可能只是双方对款项性质的一种笼统描述，不影响借款合同的成立和履行。

2. 往来款项的界定：

   • “往来款项”在财务上通常指企业之间因业务往来而产生的应收应付款项，包括借款、货款、服务费等。
   • 若双方未明确约定款项性质，或约定不明确，还款时备注“往来”可能引发对款项性质的争议。此时，需结合转账背景、双方交易习惯、合同约定等因素综合判断。

二、从财务处理角度分析

1. 会计处理的准确性：

   • 无论还款时如何备注，企业均应按照实际发生的经济业务进行会计处理，确保会计信息的真实性和准确性。
   • 若借款关系明确，企业应在会计账簿中准确记录借款的借入和归还情况，避免因备注不当而导致会计处理错误。

2. 税务合规性：

   • 借款利息支出在符合税法规定的情况下，可以在企业所得税前扣除。若还款时备注“往来”而未明确利息支出，可能影响税务处理的合规性。
   • 企业应确保借款利息的支付和收取均符合税法规定，避免因税务问题而引发法律风险。

三、从风险防范角度分析

1. 明确约定款项性质：

   • 为避免争议和风险，双方在转账时应明确约定款项性质，如借款、货款等，并在转账凭证上注明。
   • 还款时也应按照实际还款性质进行备注，确保转账记录的清晰和准确。

2. 保留相关证据：

   • 双方应保留与借款相关的所有证据，包括借款合同、转账凭证、还款记录等，以备不时之需。
   • 在发生争议时，这些证据将有助于证明双方的权利和义务关系。

四、特殊情况下的处理

• 若备注“往来”导致误解或争议：
  • 若因还款时备注“往来”而导致对方误解或产生争议，双方应及时沟通并协商解决。
  • 若协商无果，可寻求法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。

建议：为确保公对公转账的合规性和安全性，建议双方在转账前明确约定款项性质、金额、期限等要素，并在转账凭证上准确注明。还款时也应按照实际还款性质进行备注，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。