结论：归还借款时备注“往来款”在法律上并不直接违法，但可能引发不必要的法律风险或争议，需根据具体情况谨慎处理。
- 法律性质分析
从法律定义看，“借款”与“往来款”性质不同：
- 借款：指一方将资金出借给另一方，双方形成明确的债权债务关系，通常需约定还款期限、利息等（即使未约定利息，法律也默认无息，但逾期可主张利息）。
- 往来款：通常指企业或个人之间因经营、合作等产生的资金往来，可能包含借款、货款、投资款等多种性质，未明确约定时，法律上可能视为“无明确用途的资金流动”。
若归还借款时备注“往来款”，可能模糊资金性质，导致双方对款项用途产生争议（例如：对方可能主张该款项是其他用途，如合作款、分红等），进而影响债权债务的清算。
法律风险点
- 举证责任风险：若未来发生纠纷（如对方否认借款事实），备注“往来款”可能削弱你主张“还款”的证据效力。根据《民法典》及相关司法解释，主张债权的一方需证明借贷关系存在，而备注“往来款”可能被对方利用，要求你进一步举证款项性质。
- 税务合规风险：若涉及企业间资金往来，备注“往来款”可能被税务机关关注。例如：若实际是借款但备注为往来款，可能被质疑是否存在“隐匿收入”“逃避利息税”等行为（尽管个人间借款通常不涉及税务问题，但企业间需谨慎）。
- 合同履行风险：若原借款合同明确约定还款方式、账户或备注要求，未按约定操作可能被对方主张“未履行还款义务”（尽管实践中此类主张较难成立，但可能增加纠纷成本）。
合规建议
- 明确备注“还款”：最稳妥的方式是直接备注“归还XX年XX月XX日借款”或“还款”，并附上原借款合同编号（如有），以固定证据。
- 保留完整证据链：除备注外，需保留借款合同、转账记录、催款记录等，形成完整证据链，避免因单一备注引发争议。
- 企业间往来需谨慎：若涉及企业，建议通过书面协议明确款项性质（如“借款”或“往来款”），并在还款时与协议约定一致，避免税务或审计风险。
总结：法律不禁止归还借款时备注“往来款”，但此操作可能增加纠纷风险。为保障权益，建议根据实际情况选择更明确的备注方式，并完善证据留存。如有具体案件或复杂情况，可进一步向我咨询细节。