结论：公司给个人付款备注“往来款”是否合法不能一概而论，需结合款项性质、交易背景及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 若款项性质真实合法，备注“往来款”通常无问题

• 合法情形：若公司与个人之间存在真实的资金往来（如借款、还款、合作预付款、赔偿款等），且交易背景符合商业逻辑或法律规定，备注“往来款”仅是对款项性质的概括描述，不违反法律。
• 示例：
  • 公司向员工借款，备注“往来款-借款”；
  • 个人为公司提供服务后收到预付款，备注“往来款-服务预付款”；
  • 公司支付给个人的赔偿款（如合同违约赔偿），备注“往来款-赔偿款”。
• 关键点：需保留交易凭证（如合同、借条、服务协议等），证明款项用途与备注一致，避免被认定为“虚构交易”。

2. 若款项性质不实或涉及违法目的，备注“往来款”可能违法

• 违法情形：若公司通过备注“往来款”掩盖真实目的（如逃税、洗钱、行贿、非法集资等），则可能触犯法律。
• 风险场景：
  • 逃税：公司通过个人账户发放工资或分红，备注“往来款”以隐瞒收入，逃避个税；
  • 洗钱：公司将非法所得以“往来款”名义转入个人账户，掩盖资金来源；
  • 行贿：公司向个人行贿，备注“往来款”以伪装正常经济往来。
• 法律后果：可能涉及《刑法》中的逃税罪、洗钱罪、行贿罪等，或《税收征收管理法》《反洗钱法》等行政法规的处罚。

3. 税务合规要求：需确保款项与税目匹配

• 企业所得税：若款项属于收入或成本，需在税前正确列支。例如，公司支付给个人的咨询费，应按“劳务报酬”代扣代缴个税，若备注“往来款”未申报，可能被税务机关调整。
• 增值税：若款项涉及应税服务或货物，需开具合规发票。例如，公司向个人采购服务，备注“往来款”但未取得发票，可能无法抵扣进项税。
• 个税代扣代缴：公司向个人支付款项（如工资、稿酬、特许权使用费等），需按税法规定代扣代缴个税，备注“往来款”不能免除该义务。

4. 实务建议：规范备注与交易管理

• 明确款项性质：备注应与实际交易一致，避免模糊表述。例如，借款注明“借款”，服务费注明“服务费”。
• 保留交易凭证：签订书面合同或协议，留存转账记录、发票等证据，证明款项合法性。
• 咨询专业意见：若款项性质复杂或涉及大额资金，建议提前咨询律师或税务师，确保合规。

总结：备注“往来款”本身不违法，但需确保款项性质真实、交易背景合法，并符合税务规定。若存在掩盖非法目的或逃避税收的情形，则可能面临法律风险。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。