公司转给个人股东备注往来款，这一行为本身并不直接决定其合法性，合法与否需结合具体交易背景、资金用途及是否符合相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
真实的资金往来：
- 如果公司与个人股东之间确实存在真实的资金往来，如股东向公司借款、公司向股东还款、股东为公司垫付费用等，且这些交易都有合法的合同、凭证和记录，那么备注为“往来款”是合理的，也是合法的。
符合公司章程和内部规定：
- 如果公司的章程或内部财务规定允许此类资金往来，并且已经按照相关规定进行了审批和记录，那么这种备注也是合法的。
二、可能存在的违法情形
虚构交易或隐瞒真实用途：
- 如果公司转给个人股东的资金并非真实的往来款，而是为了逃避税收、转移资产、抽逃出资或其他非法目的而虚构的交易，那么这种行为就是违法的。此时，即使备注为“往来款”，也无法掩盖其违法的本质。
违反公司法规定：
- 根据《公司法》的相关规定，公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款。如果个人股东同时担任公司的董事、监事或高级管理人员，且公司向其转账备注为“往来款”实为借款，那么这种行为就可能违反公司法的规定。
未履行税务申报和缴纳义务：
- 如果公司转给个人股东的资金属于应税收入，如利息、股息、红利等，但公司未按照税法规定履行申报和缴纳义务，那么这种行为也是违法的。此时，备注为“往来款”并不能免除公司的税务责任。
三、法律建议
确保交易真实合法：
- 公司与个人股东之间的资金往来应确保真实、合法，并保留好相关的合同、凭证和记录，以便在需要时进行证明。
遵守公司章程和内部规定：
- 公司应制定完善的章程和内部财务规定，明确资金往来的审批流程和记录要求，确保所有交易都符合规定。
履行税务申报和缴纳义务：
- 公司应按照税法规定履行税务申报和缴纳义务，确保所有应税收入都得到正确处理。
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综上所述，公司转给个人股东备注往来款是否合法，需结合具体交易背景、资金用途及是否符合相关法律法规来综合判断。为了确保合法合规，建议公司在处理此类交易时务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。