关于法人往公户转款并备注为“往来款”的问题，这主要涉及到款项性质的认定以及会计处理两个方面。
首先，从款项性质的认定来看，转账时的备注“往来款”只是转款方单方面的标注，它并不能直接决定款项的实际性质。款项的实际性质应当根据双方之间的实际交易或业务关系来确定。例如，如果这笔款项实际上是投资款、借款、还款、货款等，那么仅仅标注为“往来款”是不准确的，也可能在后续产生纠纷时引发争议。在类似案例中，如蓝天合伙企业向王女士转账并标注为“员工借款”，但最终法院并未认可这一标注，而是根据双方的实际交易和证据来认定款项性质。
其次，从会计处理的角度来看，法人往公户转款并备注为“往来款”，在会计记录上应当根据实际业务情况进行准确分类和记录。如果这笔款项实际上是某种特定性质的款项（如投资款、借款等），那么应当在会计记录中明确反映出来，以便后续进行准确的财务分析和决策。同时，为了符合相关会计准则和法规的要求，企业也应当确保会计记录的准确性和完整性。
建议：
明确款项性质：在转账时，应当尽量明确款项的实际性质，并在备注中准确反映。如果无法确定具体性质，可以备注为“其他往来款”或“待确认款项”，并在后续及时与对方沟通确认。
保留相关证据：为了证明款项的实际性质，双方应当保留好相关的交易合同、发票、收据等证据材料。这些证据材料在后续可能产生的纠纷中具有重要的证明作用。
遵循会计准则：在进行会计处理时，应当遵循相关的会计准则和法规要求，确保会计记录的准确性和完整性。如果对于会计处理存在疑问或不确定的地方，可以咨询专业的会计师或审计师进行确认。
及时沟通确认：如果对于转账备注或款项性质存在疑问或不确定的地方，应当及时与对方进行沟通确认，以避免后续产生不必要的纠纷和误解。