结论前置：
详细分析：
首先，我们需要明确盗窃行为的性质。盗窃行为是一种违反治安管理甚至可能触犯刑法的违法犯罪行为，它侵犯了他人的财产权，具有社会危害性。因此，无论盗窃的财物价值大小，也无论是否已经赔偿了损失，盗窃行为本身都是需要受到法律制裁的。
其次，赔了损失并不意味着案件可以自动结案。赔偿损失是民事赔偿的一部分，它只能解决被盗财物价值的补偿问题，但无法消除盗窃行为本身的违法性和社会危害性。因此，即使已经赔偿了损失，如果盗窃行为构成犯罪或违反治安管理，公安机关仍会依法进行调查和处理。
从法律责任的角度来看：
如果盗窃财物价值较小，不构成犯罪的，根据《治安管理处罚法》的相关规定，盗窃公私财物的，将面临五日以上十日以下拘留，并可处五百元以下罚款；情节较重的，处罚更重。这意味着，即使已经赔偿了损失，如果盗窃行为违反了治安管理，公安机关仍会依法给予行政处罚。
若盗窃财物价值达到当地规定的盗窃罪立案标准（一般为一千元至三千元以上，各地标准有所差异），则构成盗窃罪，会受到刑事处罚。根据《刑法》的相关规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处罚更为严厉。这意味着，如果盗窃行为构成犯罪，即使已经赔偿了损失，公安机关仍会依法追究刑事责任。
从实践考量的角度来看：
超市在发现偷窃行为后，即使已经与偷窃者达成赔偿协议，仍然有权且应当选择报警处理。这是为了维护法律尊严和公共秩序，确保违法者受到应有的法律制裁。同时，报警也是超市维护自身合法权益的重要方式。通过报警，超市可以协助警方调查取证，以便对违法者进行法律制裁。
建议：
如果您或他人已经发生了盗窃行为并赔偿了损失，我建议您或相关人士积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，以便公安机关能够依法、公正地处理案件。同时，我也提醒您要遵守法律法规，不要从事任何违法犯罪行为，以免给自己和他人带来不必要的麻烦和损失。
最后，如果您在法律方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。我会尽我所能为您提供专业的法律建议和帮助。