结论：在计算年休假加班工资时，通常应按照实际发放的平均工资（即4000元）作为计算基数，而非合同约定的工资（2490元），但具体还需依据劳动合同的具体条款、公司规章制度以及相关法律法规来确定。

分析说明：

1. 合同约定与实际发放的差异：

   • 劳动合同中约定的工资是双方协商一致的结果，具有法律约束力。然而，在实际操作中，由于各种原因（如奖金、津贴、提成等），员工实际拿到的工资可能会高于合同约定的工资。
   • 在计算加班工资时，理论上应基于员工实际获得的工资水平，因为这更能反映员工的实际收入状况。

2. 年休假加班工资的计算依据：

   • 根据《劳动法》及相关规定，员工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资待遇。若员工在年休假期间被安排加班，则应按照不低于员工本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 这里的“日或小时工资标准”通常应理解为员工实际获得的平均工资，而非合同约定的基本工资。因为实际平均工资更能准确反映员工的收入水平，从而确保加班工资的公平性和合理性。

3. 具体计算方式（以日工资为例）：

   • 假设一个月按21.75天计算（这是常见的月计薪天数），则日工资 = 实际平均工资 / 21.75。
   • 年休假加班日工资 = 日工资 × 300%。
   • 具体计算：日工资 = 4000元 / 21.75 ≈ 183.91元；年休假加班日工资 = 183.91元 × 300% ≈ 551.72元。

4. 特殊情况与注意事项：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定，年休假加班工资的计算基数应按照合同约定工资执行，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则可能按照合同约定工资计算。但这种情况较为少见，且通常需要员工在签订劳动合同时明确知晓并同意。
   • 在实际操作中，如果员工对年休假加班工资的计算有异议，可以与公司进行协商。若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

行动建议：

• 首先，查看劳动合同中是否有关于年休假加班工资计算基数的明确规定。
• 其次，了解公司规章制度中是否有相关条款，并确认这些条款是否合法有效。
• 最后，如果仍有疑问或争议，建议直接与公司沟通协商，或寻求法律援助以维护自己的权益。

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