结论前置：若残疾证挂靠公司被残联识破，公司可能面临行政处罚、民事赔偿及声誉损害等后果，需立即停止挂靠行为，积极配合调查，并采取补救措施以降低损失。

1. 法律后果分析

   • 行政处罚：根据《残疾人就业条例》，单位未按规定缴纳残疾人就业保障金或存在虚假用工行为的，由劳动保障部门责令改正，并处以罚款（通常为未缴金额的1倍至5倍）。若公司通过挂靠残疾证规避缴费义务，可能面临高额罚款。
     
   • 民事赔偿：若挂靠行为导致残疾人权益受损（如未实际支付工资或社保），残疾人可能主张赔偿；若涉及第三方合作（如政府补贴申请），合作方可能因合同欺诈追究公司违约责任。
     
   • 声誉风险：残联可能将违规行为纳入企业信用记录，影响公司参与政府采购、招投标等资格。

2. 公司应对措施

   • 立即终止挂靠：解除与挂靠人员的虚假劳动关系，停止使用其残疾证申请补贴或减免税费。
     
   • 配合调查：主动向残联说明情况，提交真实用工记录（如工资发放凭证、社保缴纳记录），证明已整改。若存在历史违规，可协商分期缴纳保障金或申请减免。
     
   • 补缴保障金：根据《残疾人就业保障金征收使用管理办法》，计算应缴未缴金额并补缴，避免滞纳金累积（通常按日加收5‰）。
     
   • 完善合规体系：建立残疾人用工管理制度，确保招聘、合同签订、工资发放等环节合法；定期自查，避免再次违规。

3. 风险防范建议

   • 合法用工：通过正规渠道招聘残疾人，签订劳动合同并缴纳社保，享受税收优惠（如增值税即征即退）时需确保用工真实性。
     
   • 政策咨询：与当地残联、税务部门沟通，明确残疾人就业比例要求及补贴申请条件，避免因信息误差导致违规。
     
   • 合同审查：若与第三方合作涉及残疾人用工条款，需在合同中明确双方权利义务，防止因对方过错牵连自身。

提示：残疾证挂靠涉嫌违法，公司应优先通过合法途径履行社会责任。若已发生违规，建议尽快委托律师协助处理调查程序及后续整改，降低法律风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我提问。