结论前置：公司以个人账户发工资导致举证困难时，劳动者可通过收集间接证据、申请法院调查取证、向劳动监察部门投诉、主张公司承担举证责任等方式维护自身权益。以下是具体分析：

1. 收集间接证据，构建完整证据链

• 工资发放记录：要求公司或个人账户持有人提供转账记录（如银行流水、微信/支付宝转账截图），并注明款项性质为“工资”。若对方拒绝，可向法院申请调查令，要求银行提供相关账户的交易明细。
• 工作证明材料：收集劳动合同、工作证、考勤记录、工作邮件、微信聊天记录等，证明劳动关系及工资标准。例如，若聊天记录中提到“本月工资5000元”，可结合转账金额佐证。
• 同事证言：若有同事同样通过个人账户领取工资，可联合出具证言，或申请同事作为证人出庭，增强证据可信度。

2. 申请法院调查取证，突破举证障碍

• 法律依据：根据《民事诉讼法》第67条，当事人因客观原因不能自行收集的证据，可申请法院调查取证。劳动者可向法院提交书面申请，要求调取公司或个人账户的银行流水，证明工资发放情况。
• 操作要点：申请时需明确被调查对象（如公司法定代表人、财务人员账户）、调查期间（如近1年）及具体银行信息。法院审查后，若认为与案件相关，会向银行发出协助查询通知书。

3. 向劳动监察部门投诉，推动行政介入

• 投诉流程：劳动者可向当地劳动保障监察大队提交书面投诉材料，包括个人身份信息、公司名称、工资发放异常情况（如通过个人账户转账）及证据清单。监察部门有权要求公司提交工资发放记录，若公司拒不提供，可依据《劳动保障监察条例》第30条对其处罚。
• 效果预期：行政介入可能促使公司主动整改，或为后续劳动仲裁提供官方调查记录作为证据。

4. 主张公司承担举证责任，倒逼其自证

• 法律适用：根据《劳动争议调解仲裁法》第6条，与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；不提供的，应承担不利后果。劳动者可主张“工资发放记录”属于公司掌握的证据，要求其提供。
• 实践策略：在仲裁或诉讼中，明确提出“公司未通过公账发放工资，违反《工资支付暂行规定》第7条，应承担举证不能的责任”，并请求仲裁委/法院直接采信劳动者主张的工资标准。

5. 预防性建议：入职时明确工资发放方式

• 合同约定：在签订劳动合同时，明确要求工资通过公司对公账户发放，并注明账户信息。若公司坚持使用个人账户，可要求在合同中补充“个人账户转账视为公司行为”的条款。
• 留存证据：每次领取工资后，通过微信、邮件等方式向公司确认“已收到X月工资X元”，并保存回复记录，避免后续争议。

总结：公司以个人账户发工资虽增加举证难度，但劳动者可通过间接证据组合、申请法院调查、行政投诉及法律责任倒逼等方式突破困境。建议优先收集现有证据，同步申请调查取证，并主动推动行政或司法程序介入，以最大化维护自身权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。