结论前置：和公司打官司时，工资不是由公司账户发放，而是由公司个人账户发放的，这些转账记录可以作为证据使用，但需结合其他证据形成完整证据链以证明劳动关系及工资发放情况。以下从不同角度详细分析：
一、转账记录作为证据的法律基础
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，证据包括当事人的陈述、书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言、鉴定意见和勘验笔录等。转账记录，特别是银行转账记录，属于电子数据或书证范畴，只要能够证明案件事实，就可以作为证据使用。
二、转账记录证明工资发放的有效性
转账记录的真实性：银行转账记录具有客观性，能够真实反映资金流动情况。如果转账记录显示的是公司个人账户向您转账，且转账备注中明确标注了“工资”或类似字样，这将大大增强转账记录作为工资发放证据的有效性。
转账记录的关联性：除了转账记录本身，您还需要提供其他证据来证明这些转账与您的劳动关系及工资发放有关。例如，劳动合同、工作证、考勤记录、同事证言等，这些证据可以与转账记录相互印证，形成完整的证据链。
三、可能面临的挑战及应对策略
公司否认转账为工资：如果公司否认转账记录中的资金是工资，而是其他性质的款项（如借款、报销等），您需要提供其他证据来反驳。例如，如果转账记录中备注了“工资”，或者您能够提供其他证据证明这些转账与您的工资发放周期、金额等相符，这将有助于证明转账记录中的资金是工资。
转账记录不完整或存在瑕疵：如果转账记录不完整，或者存在某些瑕疵（如转账金额与合同约定不符、转账时间不规律等），这可能会影响转账记录作为证据的证明力。在这种情况下，您需要尽可能提供其他证据来弥补这些瑕疵，或者解释这些瑕疵的原因。
四、建议与注意事项
及时收集并保存证据：在发现工资发放存在问题时，您应及时收集并保存相关证据，包括转账记录、劳动合同、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于您在后续的法律程序中维护自己的权益。
咨询专业律师：虽然转账记录可以作为证据使用，但具体如何运用这些证据以及如何应对可能面临的挑战，还需要根据具体情况进行分析和判断。因此，我建议您在必要时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
注意诉讼时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，您在发现工资发放存在问题后，应及时采取行动，以免超过诉讼时效而丧失维权机会。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。