首先明确结论：针对您请假三天后回来上班，领导却称您已按公司规章制度自离的情况，您不必过于慌张，这很可能涉及公司规章制度的不合理执行或误解，您有权通过合法途径维护自己的权益。
一、公司规章制度的有效性及执行
规章制度需合法合规：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，公司的规章制度必须经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商等），并公示或告知劳动者，才能作为管理员工的依据。
- 如果公司的“自离”规定未经上述程序，或规定内容本身违法（如无故扩大自离范围、未给予员工申辩机会等），则该规定对您不产生法律效力。
执行程序需正当：
- 即便规章制度合法，公司在执行时也应遵循正当程序，如事先通知、给予申辩机会等。
- 若公司未履行这些程序，直接以“自离”为由处理您，可能构成违法解除劳动合同。
二、您的权利及应对措施
核实规章制度及执行情况：
- 要求公司出示相关规章制度，并核实其制定程序、公示情况及内容合法性。
- 询问公司具体依据哪条规章制度认定您“自离”，并要求提供执行该规定的证据（如通知记录、申辩机会等）。
与公司协商：
- 在了解情况后，尝试与公司协商解决，如要求公司撤销“自离”决定、恢复劳动关系或支付相应赔偿。
- 协商时，可强调您已履行请假手续，且公司未按规定程序处理。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，您可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，要求确认公司解除劳动合同的行为违法，并主张相应的赔偿（如经济补偿金、赔偿金等）。
- 仲裁时，需准备相关证据（如请假记录、公司规章制度、沟通记录等）。
三、可能的法律后果
若公司规章制度违法或执行不当：
- 劳动仲裁机构可能认定公司解除劳动合同的行为违法，要求公司支付赔偿金（通常为经济补偿金的两倍）。
- 同时，您有权要求公司恢复劳动关系或支付相应的工资损失。
若公司规章制度合法且执行得当：
- 但这种情况较为少见，因为“自离”通常需要明确的证据和程序支持。
- 即便如此，您仍可要求公司出示充分证据，并考虑是否通过其他途径（如协商、调解）解决争议。
四、建议与提醒
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好相关证据（如请假条、公司通知、沟通记录等），以备不时之需。
- 及时行动：不要拖延处理时间，以免错过申请劳动仲裁的时效（通常为一年）。
- 寻求帮助：如有需要，可咨询当地劳动部门或寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的权益。
最后，面对这种情况，您不必过于担心。通过合法途径维护自己的权益是您的权利。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。