结论是：教师病假超过两个月被扣工资后，如果后续被认定为工伤，之前扣除的工资是否补回，需依据具体情况和法律规定来判断，一般情况下，因工伤导致的病假，工资不应被扣除，已扣除的应补回。以下从不同角度进行分析：
一、工伤认定与工资支付的关系
工伤认定前的病假工资：
- 在工伤认定前，如果教师因病请假超过两个月，且未被认定为工伤，那么学校按照内部规定扣除部分工资可能是合法的，这取决于学校的规章制度以及是否违反了相关法律法规的强制性规定。但通常，长期病假期间的工资支付会遵循一定的法律标准，如不低于当地最低工资标准的80%等。
工伤认定后的工资支付：
- 一旦教师的病假被认定为工伤，那么根据《工伤保险条例》等相关法律法规，教师在停工留薪期内（即工伤治疗期间）应享受原工资福利待遇不变。这意味着，如果之前因为非工伤原因被扣除了工资，而在后续被认定为工伤，那么理论上，之前扣除的工资应当予以补回。
二、实际操作中的考虑因素
工伤认定的时间点：
- 工伤认定的时间点对于工资补回至关重要。如果工伤认定是在病假期间之后进行的，那么需要查看学校在病假期间的工资支付是否符合工伤待遇的规定。如果不符合，教师有权要求补回差额。
学校的规章制度：
- 学校的规章制度也是影响工资补回的一个重要因素。如果学校的规章制度中明确规定了工伤期间的工资支付标准，并且该标准不低于法律法规的规定，那么教师可能无法要求补回之前扣除的工资（如果扣除是基于非工伤原因且符合学校规定）。但如果规章制度违反了法律法规，那么教师有权要求按照法律法规的标准进行补回。
协商与法律途径：
- 在实际操作中，教师首先可以尝试与学校进行协商，看是否能够达成一致并补回工资。如果协商无果，教师可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
三、法律建议
及时申请工伤认定：
- 如果教师认为自己的病假可能构成工伤，应及时向学校或相关部门申请工伤认定，以便尽快确定工伤性质并享受相应的工伤待遇。
保留相关证据：
- 在整个过程中，教师应保留好与病假、工资支付以及工伤认定相关的所有证据，如病假条、工资单、工伤认定决定书等，以便在需要时提供证明。
寻求专业法律帮助：
- 如果教师在处理此类问题时遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。
举例说明：假设一位教师因工作原因受伤并需要长期病假治疗。在病假初期，由于尚未进行工伤认定，学校按照内部规定扣除了部分工资。后来，该教师的病假被认定为工伤。在这种情况下，教师有权要求学校补回之前因非工伤原因扣除的工资差额，并享受停工留薪期内的原工资福利待遇。
最后需要强调的是，每个具体案件的情况都有所不同，因此在处理此类问题时，教师应根据自己的实际情况和法律法规的规定来具体分析并采取相应的行动。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。