核心结论：公司不认可工伤，即便已经发放了停薪留职期间的工资，您仍有权通过法律途径维护自己的工伤权益。
法律分析：
工伤认定与待遇：
- 根据《工伤保险条例》，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 若公司未在规定时间内提出工伤认定申请，您或您的近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 一旦被认定为工伤，您有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金等。
公司不认可工伤的处理：
- 协商与沟通：首先，您可以尝试与公司进行协商，了解公司不认可工伤的具体原因，并尝试通过沟通解决问题。如果公司坚持不认可，您可以要求公司出具书面说明。
- 申请劳动仲裁：若协商无果，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求确认工伤并享受相应的工伤保险待遇。在申请仲裁时，您需要提供相关证据，如医疗证明、工伤事故报告、与公司的沟通记录等。
- 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，您还可以向人民法院提起诉讼，要求法院确认工伤并判决公司支付相应的工伤保险待遇。
已发放停薪留职工资的影响：
- 公司发放停薪留职期间的工资，并不影响您申请工伤认定和享受工伤保险待遇的权利。停薪留职工资是公司应尽的义务之一，而工伤保险待遇则是基于工伤认定结果而享有的权利。
- 如果公司以已经发放停薪留职工资为由拒绝认可工伤或拒绝支付其他工伤保险待遇，这是不合法的。您有权通过法律途径维护自己的合法权益。
建议与行动：
- 收集证据：尽快收集与工伤相关的所有证据，包括医疗证明、工伤事故报告、与公司的沟通记录等。这些证据将在后续的劳动仲裁或诉讼中起到关键作用。
- 咨询专业律师：虽然我已经在这里为您提供了一些法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您咨询一位专业律师，以便更详细地了解您的权利和义务，并制定更具体的维权策略。
- 及时行动：不要拖延时间，尽快采取行动维护自己的权益。工伤认定和工伤保险待遇的申请都有时间限制，错过这些时间限制可能会导致您失去相应的权利。
可能后果：
- 如果您不及时采取行动维护自己的权益，可能会错过工伤认定和工伤保险待遇的申请时间限制，导致无法享受相应的待遇。
- 如果公司坚持不认可工伤并拒绝支付工伤保险待遇，您可能需要通过法律途径解决争议。这可能会耗费一定的时间和精力，但如果您能够提供充分的证据并坚持维权，最终有望获得应有的赔偿。
总之，即便公司已经发放了停薪留职期间的工资，您仍有权通过法律途径维护自己的工伤权益。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。