结论前置：针对企业自负盈亏单位三年未发工资的问题，劳动者可通过以下途径维权：1. 协商解决；2. 申请劳动仲裁；3. 提起诉讼；4. 主张经济补偿或赔偿金；5. 申请强制执行。以下从法律程序、证据收集、风险防范等角度展开分析：

一、法律程序与维权路径

1. 协商解决
   根据《劳动法》第五十条，用人单位必须按时足额支付劳动报酬。劳动者可先与企业协商，要求补发工资并签订书面协议（明确补发金额、时间及违约责任）。若企业以“自负盈亏”为由拒绝，需明确：企业经济状况不构成拖欠工资的合法理由，除非进入破产程序或依法清算。

2. 申请劳动仲裁
   若协商无果，劳动者应在劳动关系终止之日起1年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：

   • 补发拖欠工资（按劳动合同约定或同工同酬标准计算）；
     
   • 支付拖欠工资25%的经济补偿金（《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条，部分地区可能调整比例）；
     
   • 确认劳动关系（若未签合同，需提供工作证、考勤记录等证据）。

3. 提起诉讼
   对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉。若企业已停业或无财产，可追加股东为被执行人（需证明股东存在抽逃出资、未清算等情形）。

二、证据收集与关键点

1. 证明劳动关系

   • 劳动合同、工资条、银行转账记录；
     
   • 工作证、考勤表、同事证言；
     
   • 社保缴纳记录、企业邮件或工作群聊天记录。

2. 证明拖欠事实

   • 企业书面承认拖欠的函件、录音；
     
   • 财务账目（如劳动者可获取）；
     
   • 当地劳动监察部门的调查记录。

3. 企业财产线索
   若申请强制执行，需提供企业银行账户、房产、车辆等财产信息，避免因“无财产可供执行”导致程序终结。

三、风险防范与注意事项

1. 时效风险
   劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若企业长期拖欠，建议定期通过书面形式（如律师函）主张权利，中断时效。

2. 企业破产程序
   若企业进入破产清算，劳动者需在申报债权期限内向管理人申报工资债权，优先于普通债权受偿（《企业破产法》第一百一十三条）。

3. 经济补偿与赔偿

   • 若企业以拖欠工资为由解除劳动合同，劳动者可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；
     
   • 若企业恶意拖欠，可主张赔偿金（经济补偿金的2倍）。

四、特殊情形处理

1. 企业停业未注销
   若企业未依法清算即停业，劳动者可要求股东承担连带责任（《公司法》第二十条、第一百八十三条）。

2. 挂靠或关联企业
   若企业与关联公司存在人格混同（如财务、人员混同），可主张关联企业共同承担责任。

行动建议：立即收集证据，向当地劳动监察大队投诉（快速处理），同步准备劳动仲裁材料。若企业已无实际经营，优先通过诉讼确认债权，参与破产分配或执行股东财产。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作细节。