结论：事业单位员工到退休年龄仍然上班，两年后单位才发现，责任归属需根据具体情况判断，可能涉及员工、单位以及人事管理部门的责任。

分析：

1. 员工责任：

   • 合规性：员工达到法定退休年龄后，原则上应办理退休手续并享受退休待遇。若继续工作，应明确与单位之间的劳动关系或劳务关系，并签订相应协议。若未签订且单位不知情，员工可能存在一定责任，尤其是若因此给单位造成损失。
   • 告知义务：员工有义务在达到退休年龄时告知单位，并协商后续工作安排。若未履行告知义务，导致单位未能及时调整人事安排，员工可能需承担一定责任。

2. 单位责任：

   • 管理疏忽：单位作为管理者，有责任及时关注员工的退休情况，并办理相关手续。若因管理疏忽导致员工超期工作，单位可能需承担管理责任，尤其是若因此给员工造成损失（如未及时享受退休待遇）。
   • 协议签订：若单位允许员工继续工作，应签订劳务协议或其他相关协议，明确双方权利义务。若未签订，单位可能面临法律风险。

3. 人事管理部门责任：

   • 信息更新：人事管理部门有责任及时更新员工信息，包括退休情况。若因信息更新不及时导致单位未能及时调整人事安排，人事管理部门可能需承担一定责任。
   • 制度完善：人事管理部门应完善相关制度，明确员工退休后的工作安排和手续办理流程，以避免类似情况发生。

法律建议：

• 对于员工：达到退休年龄时，应及时告知单位并协商后续工作安排。若继续工作，应签订相应协议以明确双方权利义务。
• 对于单位：应加强员工退休情况的管理和关注，及时办理相关手续。若允许员工继续工作，应签订劳务协议或其他相关协议。
• 对于人事管理部门：应完善相关制度，确保员工信息的及时更新和手续的规范办理。

可能后果：

• 若因员工未履行告知义务或单位管理疏忽导致纠纷，可能涉及劳动争议或民事赔偿。
• 若因此给员工或单位造成损失，责任方可能需承担相应的赔偿责任。

总结：事业单位员工到退休年龄仍然上班，两年后单位才发现，责任归属需根据具体情况判断。建议员工、单位和人事管理部门均加强相关管理和制度完善，以避免类似情况发生。如有具体法律问题，可直接向我咨询。