针对您提出的“虚开增值税专用发票不起诉，公安机关没收了违法所得，是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，虚开增值税专用发票是严重的经济违法行为，它不仅破坏了国家税收征管秩序，还损害了国家的税收利益。因此，法律对此类行为有严格的规制和严厉的打击措施。

一、法律对虚开增值税专用发票的处罚规定

1. 行政违法层面：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》，虚开发票的，税务机关有权没收违法所得，并视虚开金额的大小处以相应的罚款。具体来说，虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，将并处5万元以上50万元以下的罚款。

2. 刑事犯罪层面：

   • 《中华人民共和国刑法》第二百零五条明确规定，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，将受到刑事处罚。处罚的严重程度取决于虚开的税款数额、情节严重性等因素，可能包括有期徒刑、拘役以及罚金等。

二、关于公安机关没收违法所得的合法性

在您提到的情境中，如果公安机关在调查过程中发现虚开增值税专用发票的行为，并且该行为未达到刑事起诉的标准（例如，虚开税款数额不到10万元或其他特殊情形），但确实存在违法所得，那么公安机关有权根据相关法律法规没收这些违法所得。这是公安机关在执行法律、维护税收秩序和社会公共利益时的合法行为。

三、特殊情形下的处理

虽然存在某些特殊情形下虚开增值税专用发票可能不会被认定为犯罪（如参考信息中提到的七种情形），但这并不意味着这些行为就是合法的。即使不被起诉，税务机关仍然有权根据《中华人民共和国发票管理办法》对虚开行为进行行政处罚，包括没收违法所得和处以罚款。

四、总结与建议

综上所述，如果公安机关在调查虚开增值税专用发票案件时，发现存在违法所得且该行为未达到刑事起诉标准，那么公安机关没收违法所得的行为是合法的。作为企业和个人，应严格遵守相关法律法规，确保发票的真实性和合法性，避免涉及任何虚开行为。如果面临类似情况或存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。

希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何进一步的问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。