针对您提出的“虚开增值税专用发票税额39万不起诉”的问题，以下是对此问题的详细解答：

在涉及虚开增值税专用发票的行为时，人民检察院根据相关法律法规，确实有可能作出不起诉决定。这主要取决于案件的具体情况、犯罪嫌疑人的悔罪表现以及社会危害程度等因素。以下是对此问题的全面分析：

一、不起诉决定的可能性

1. 法定不起诉：

   • 若经侦查发现所谓的“虚开行为”并不成立，或者所涉发票虽有形式上的瑕疵但实质上并不属于虚开，那么人民检察院应作出不起诉决定。
   • 如果案件已经过了追诉时效，或者犯罪嫌疑人在侦查、审查起诉阶段已经死亡，那么也应依法不起诉。

2. 酌定不起诉：

   • 在虚开金额较小，且犯罪嫌疑人具有自首、立功等从轻、减轻处罚情节的情况下，可以考虑不起诉。
   • 如果犯罪嫌疑人非出于骗取国家税款的目的，而是因经营管理不善或对税收政策理解有误导致的虚开，并且及时纠正、积极配合调查，那么也可以考虑不起诉。
   • 若犯罪嫌疑人已经赔偿了全部税款损失，并取得了税务机关的谅解，同样可以酌情不起诉。
   • 对于初犯且积极配合调查、有真诚悔罪表现的犯罪嫌疑人，也可以考虑不起诉。

3. 证据不足不起诉：

   • 如果现有证据无法充分证明交易的虚假性，或者存在真实交易的可能性无法被排除，那么应因证据不足而不起诉。
   • 若不能证明犯罪嫌疑人明知是虚开行为而故意为之，同样属于证据不足，应不起诉。

4. 合规不起诉（视地区和政策而定）：

   • 在某些地区，如果企业主动发现并报告虚开行为，积极整改、消除违法经营行为，并依法补缴税款、滞纳金和罚款，同时承诺不再实施类似行为，那么检察机关可能会探索实施合规不起诉制度。

二、被不起诉后的法律后果

虽然被不起诉后犯罪嫌疑人不再承担刑事责任，但这并不意味着他们完全没有法律责任。税务机关可能会对虚开发票的行为进行行政处罚，并要求补缴税款和滞纳金。此外，如果虚开行为导致了其他民事损失，犯罪嫌疑人还可能需要承担民事赔偿责任。

三、如何争取不起诉

对于涉嫌虚开增值税专用发票的犯罪嫌疑人来说，要想争取不起诉决定，可以积极采取以下措施：

• 积极配合调查，如实供述犯罪事实；
• 主动自首并退赃，表现出悔罪态度；
• 争取受害方（如税务机关）的谅解；
• 通过法律途径请律师进行专业辩护，向检察机关申请不起诉。

四、实际案例参考

在实际案例中，存在因犯罪嫌疑人积极配合调查、主动补缴税款并表现出悔罪态度而获得不起诉决定的情况。例如，某运输有限公司的法定代表人因涉嫌虚开增值税专用发票罪被移送审查起诉，但因其认罪态度较好、积极补交全部税款，并最终被检察机关决定不起诉。

综上所述，虚开增值税专用发票税额39万是否会被起诉取决于多种因素。犯罪嫌疑人应积极配合调查、主动采取措施争取不起诉决定，并承担相应的法律责任。同时，也建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。