针对您提出的“虚开增值税专用发票罪做完认罪认罚会不会不起诉”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素。

首先，我们要明确的是，认罪认罚是刑事诉讼中的一个重要环节，它表明犯罪嫌疑人或被告人对自己的犯罪行为有了正确的认识，并愿意接受法律的制裁。然而，认罪认罚并不直接等同于不起诉。不起诉的决定通常是由检察机关根据案件的具体情况，包括犯罪事实、犯罪情节、犯罪嫌疑人的认罪态度、补救措施等，进行综合评估后作出的。

以您提供的参考信息为例，在十堰某公司的案例中，虽然公司负责人王某和陈某主动投案自首，自愿认罪认罚，并且公司全额补缴了增值税，但检察机关在综合考量犯罪事实、认罪认罚及企业情况等因素后，才作出了相对不起诉的决定。这并不意味着所有认罪认罚的案件都会得到不起诉的结果。

同样，在伊宁市人民检察院的案例中，被不起诉人于某某虽然认罪态度较好，自愿如实供述涉嫌的犯罪事实，并积极补交全部税款，但检察机关也是基于其初犯、偶犯以及认罪认罚等情节，才依法作出了不起诉的决定。

因此，对于虚开增值税专用发票罪的案件，即使犯罪嫌疑人或被告人认罪认罚，也不能保证一定会得到不起诉的结果。检察机关会根据案件的具体情况，包括犯罪的严重程度、犯罪嫌疑人的悔罪表现、补救措施的有效性等因素，进行综合评估后作出决定。

最后，我想强调的是，无论是否得到不起诉的决定，犯罪嫌疑人都应该对自己的犯罪行为有正确的认识，并积极采取补救措施，如补缴税款、接受行政处罚等，以减轻自己的法律责任。同时，也应该从此次事件中吸取教训，规范自己的经营行为，避免再次陷入类似的法律困境。