结论：虚开增值税专用发票税额1000万且为主犯的情况下，即便认罪认罚并全额补缴税款，仍存在被起诉的可能性，但可争取从宽处理或相对不起诉，具体需结合案件情节、社会危害性、补救措施等因素综合判断。

1. 法律定性：虚开增值税专用发票罪的严重性

根据《刑法》第205条，虚开增值税专用发票罪的法定刑分为三档：

• 数额较大（10万元以上）：处3年以下有期徒刑或拘役，并处2万-20万元罚金；
• 数额巨大（50万元以上）：处3-10年有期徒刑，并处5万-50万元罚金；
• 数额特别巨大（250万元以上）：处10年以上有期徒刑或无期徒刑，并处5万-50万元罚金或没收财产。

本案税额1000万已远超“数额特别巨大”标准（250万），基准刑为10年以上有期徒刑或无期徒刑，属于刑法严厉打击的范畴。

2. 认罪认罚与补缴税款的法律效果

• 认罪认罚：根据《刑事诉讼法》第15条，犯罪嫌疑人自愿认罪认罚的，可依法从宽处理，包括量刑减让、程序简化等。但需注意，认罪认罚仅影响量刑，不改变罪名定性。
• 全额补缴税款：补缴税款属于“退赃退赔”行为，可体现悔罪态度，减少社会危害性，但同样不直接导致免予起诉。根据《刑法》第67条，自首、立功、退赃等情节仅作为量刑从轻或减轻的依据。

3. 不起诉的可能性分析

不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形。结合本案：

• 法定不起诉：仅适用于“情节显著轻微、危害不大”的情形。本案税额1000万，社会危害性极大，不符合法定不起诉条件。
• 酌定不起诉（相对不起诉）：根据《刑事诉讼法》第177条，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，可作出不起诉决定。本案中，若主犯存在以下情节，可争取相对不起诉：
  • 从犯地位（但用户明确为主犯，此点不适用）；
  • 自首、立功等法定从宽情节；
  • 补缴税款、缴纳罚金，消除社会危害；
  • 初犯、偶犯，主观恶性较小；
  • 案件存在程序瑕疵或证据问题。
• 证据不足不起诉：若证据无法证明虚开行为或税额计算错误，可争取不起诉，但本案税额明确，此路径难度较大。

4. 实务中的处理方向

• 争取从宽量刑：若起诉不可避免，可重点通过认罪认罚、补缴税款、缴纳罚金等方式，争取将刑期降至10年以下（如3-10年区间）。
• 刑事合规整改：若企业涉案，可推动刑事合规整改，通过完善税务合规制度争取不起诉或缓刑（但本案主犯为个人，此路径适用性有限）。
• 社会服务或公益捐赠：部分地区允许通过社会服务折抵刑罚，可结合案件情况尝试。

5. 风险提示

• 主犯身份的加重责任：主犯需对全部犯罪数额负责，即便从犯未被追诉，主犯仍可能面临顶格处罚。
• 税务行政处罚的独立性：即使刑事不起诉，仍可能面临税务机关的行政处罚（如罚款、滞纳金），需同步处理。

建议：立即委托专业刑事律师介入，全面梳理案件证据，争取自首、立功等情节，同时推动补缴税款、缴纳罚金，最大限度争取从宽处理。如有进一步细节需分析，可直接向我咨询。