结论前置：

1. 工厂因疫情停工在一个工资支付周期内的，应当按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
2. 超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的70%（部分地区为80%）支付劳动者基本生活费。

详细分析：

一、法律依据

根据《工资支付暂行规定》（劳部发〔1994〕489号）第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的70%（部分地区为80%）支付劳动者基本生活费。

同时，人社部《关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》（人社厅明电〔2020〕5号）也明确停工停产期间工资支付原则，强调“一个工资支付周期内按合同标准支付，超出一个周期后按地方规定执行”。

二、工资发放规则

1. 第一个工资支付周期：

   • 工厂应按劳动合同约定的标准全额支付工资。例如，若员工月薪为6000元，则停工首月需足额发放6000元。

2. 超过一个工资支付周期：

   • 若员工提供了正常劳动：工厂应支付不低于当地最低工资标准的劳动报酬。这意味着，即使工厂经营受到影响，也需确保员工收入不低于法定最低线。
   • 若员工没有提供正常劳动：工厂应当发放生活费，具体标准按各省、自治区、直辖市的规定执行。通常，生活费为当地最低工资标准的一定比例，如北京市规定为不低于最低工资标准的70%，上海等地可能为80%。

三、操作建议

1. 明确工资支付周期：

   • 工厂应确认工资支付周期（如每月1日至30日），以此计算“一个工资支付周期”的起止时间。

2. 区分员工状态：

   • 对于未提供劳动的员工，按地方规定支付基本生活费。
   • 对于提供劳动的员工，按实际工作量或协商结果支付，但不得低于当地最低工资标准。

3. 协商与公示：

   • 工厂应通过民主程序与员工协商调整方案，并在企业内部公示，确保透明合规。

4. 保留证据：

   • 工厂应保存考勤记录、工资表、协商会议纪要等材料，以备劳动争议时使用。

四、注意事项

• 优先使用年休假等假期：工厂可与员工协商优先抵扣带薪年休假、调休等假期。
• 避免违法裁员：停工停产期间不得随意解除劳动合同，否则可能面临经济赔偿风险。
• 关注地方差异：各地政策细节不同（如广东、江苏等地可能有特殊规定），需结合当地法规执行。

五、示例说明

假设某工厂位于北京，月工资支付周期为自然月，员工月薪6000元：

• 停工首月：全额支付6000元。
• 停工次月起：若员工未提供劳动，按北京最低工资2320元的70%（约1624元）支付基本生活费。

总结：工厂应严格按照法律规定，在停工停产期间保障员工基本权益，同时结合自身经营情况合理制定工资支付方案，并通过协商机制降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。