结论是：第二次入职新公司后受的工伤赔付，一般情况下不会受到第一次工伤赔偿申请仲裁的影响。以下是详细分析：

一、工伤赔付的基本原则

工伤赔付是基于劳动者在工作过程中因工作原因受到的事故伤害或患职业病而应获得的补偿。这种补偿是独立的，与劳动者之前的工伤经历或赔偿申请无直接关联。只要劳动者在新公司发生的工伤符合工伤认定的条件，就有权依法获得相应的工伤赔付。

二、工伤认定的独立性

1. 工伤认定：工伤认定是由社会保险行政部门根据劳动者的申请和相关证据，对劳动者所受伤害是否属于工伤进行的行政确认。这一过程是独立的，不受劳动者之前工伤经历的影响。
2. 赔付标准：工伤赔付的标准通常根据工伤认定结果、劳动者的伤残等级以及当地的工伤保险政策来确定。这些标准都是客观的，不会因为劳动者之前的工伤赔偿申请而有所改变。

三、可能的影响因素及应对

1. 工伤保险关系：如果劳动者在第一次工伤后解除了与原用人单位的劳动关系，并入职了新公司，那么需要确保新公司已经为其参加了工伤保险。只有参加了工伤保险，劳动者在发生工伤时才能享受工伤保险待遇。

   • 应对：劳动者在入职新公司时，应确认公司是否已经为其办理了工伤保险手续。如果没有，可以要求公司尽快办理。

2. 伤残等级鉴定：如果劳动者在第一次工伤中已经进行了伤残等级鉴定，并且该鉴定结果对第二次工伤的赔付有影响（例如，两次工伤导致的伤残等级叠加），那么可能需要重新进行伤残等级鉴定。

   • 应对：在发生第二次工伤后，劳动者应及时向社会保险行政部门申请伤残等级鉴定，以便准确确定赔付标准。

3. 法律程序：如果劳动者在第一次工伤赔偿申请仲裁过程中遇到了问题（例如，仲裁结果不满意），这并不会影响其第二次工伤的赔付申请。两次工伤是独立的法律事件，应分别处理。

   • 应对：劳动者可以分别就两次工伤向相关部门申请赔付或仲裁，互不影响。

四、特殊情况说明

虽然一般情况下第二次工伤赔付不会受到第一次工伤赔偿申请仲裁的影响，但也有一些特殊情况需要注意。例如，如果劳动者在第一次工伤后故意隐瞒伤情或提供虚假信息以获取不当利益，这可能会影响其第二次工伤的赔付申请。然而，这种情况属于个别案例，并不具有普遍性。

建议：如果您在第二次入职新公司后发生了工伤，并且担心赔付会受到之前工伤赔偿申请仲裁的影响，可以及时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。