企业可以设定制度，对因犯罪情节轻微、法院不起诉的员工给予记大过处分并扣罚绩效，但需满足一定条件并遵循相关法律原则。以下从不同角度进行分析：

1. 企业自主管理权与制度合法性

• 企业自主管理权：企业作为市场主体，享有根据自身经营需要制定内部管理制度的权利，包括对员工行为的奖惩规定。这种权利是企业管理自主性的体现，旨在维护企业秩序、保障经营效率。
• 制度合法性要求：然而，企业的自主管理权并非无限制。其制定的内部制度必须符合国家法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。具体到本案，企业若要对因犯罪情节轻微、法院不起诉的员工给予记大过处分并扣罚绩效，需确保该制度不违反《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定。

2. 处分与扣罚的合理性依据

• 犯罪情节轻微与不起诉：根据《刑事诉讼法》的相关规定，犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这并不意味着员工的行为没有违法性，只是其社会危害性相对较小，不需要承担刑事责任。
• 处分与扣罚的合理性：企业基于员工的行为（尽管未被追究刑事责任）可能对企业造成的不良影响或潜在风险，有权在内部制度中规定相应的处分措施。但这种处分应当与员工的过错程度相适应，且不得超出合理范围。记大过处分和扣罚绩效作为较为严厉的处罚措施，应当有明确的制度依据和合理的判断标准。

3. 法律限制与程序要求

• 法律限制：企业在对员工进行处分时，必须遵守《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规中关于员工权益保护的规定。例如，不得因员工的民族、种族、性别、宗教信仰等不同而给予歧视性处分；处分决定应当基于事实清楚、证据确凿的原则作出。
• 程序要求：此外，企业作出处分决定时，应当遵循正当的程序要求，如告知员工处分的事实、理由和依据，听取员工的陈述和申辩等。这有助于保障员工的知情权、参与权和申诉权，确保处分决定的公正性和合法性。

4. 实践建议

• 完善内部制度：企业应当制定完善的内部管理制度，明确员工行为的奖惩标准和程序。在制定涉及处分和扣罚的条款时，应当充分考虑法律法规的要求和员工的合法权益，确保制度的合法性和合理性。
• 加强沟通与协商：在作出处分决定前，企业应当与员工进行充分的沟通和协商，了解员工的想法和意见。这有助于增强员工对处分决定的理解和接受度，减少不必要的纠纷和冲突。
• 寻求法律支持：如果企业在制定或执行内部制度过程中遇到法律问题或困惑，应当及时寻求专业律师的法律支持。这有助于确保企业的行为符合法律法规的要求，避免因违法而承担不必要的法律责任。

总结来看，企业可以在内部制度中规定对因犯罪情节轻微、法院不起诉的员工给予记大过处分并扣罚绩效，但必须确保该制度合法、合理且程序正当。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。