结论：员工违反公司制度但未造成实质损失时，公司一般不可以直接进行考核罚款，但可以通过其他合法合规的方式进行管理。

分析说明：

1. 罚款的合法性：

   • 根据我国相关法律法规，公司并非行政机关或司法机关，不具有罚款的权力。罚款通常是由行政机关或司法机关对违法行为人进行的处罚，而公司作为民事主体，无权对员工进行罚款。
   • 如果公司规章制度中规定了罚款条款，且该条款违反了法律法规的强制性规定，那么该条款是无效的，公司不能依据该条款对员工进行罚款。

2. 未造成实质损失的处理：

   • 即使员工违反了公司制度，但如果没有造成实质损失，公司不能直接要求员工赔偿或进行罚款。公司可以通过其他方式，如警告、记过、降职等内部管理措施来对员工进行约束和管理。
   • 如果公司想要对员工进行经济处罚，必须确保该处罚有明确的法律依据，并且符合法律法规的规定。例如，如果员工违反了劳动合同中的约定，公司可以根据劳动合同的约定要求员工承担违约责任，但这种责任通常不是罚款，而是赔偿损失或支付违约金等。

3. 合法合规的管理方式：

   • 公司可以制定完善的规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施。在规章制度中，可以规定对于违反制度的行为，公司可以采取哪些管理措施，如警告、记过、降职、解除劳动合同等。
   • 公司还可以与员工签订劳动合同，明确双方的权利和义务。在劳动合同中，可以约定员工违反公司制度时应承担的责任和后果，但这些责任和后果必须符合法律法规的规定。

行动建议：

• 公司角度：建议公司完善规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，并确保这些措施符合法律法规的规定。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识，减少违规行为的发生。
• 员工角度：如果员工违反了公司制度，应积极配合公司的调查和处理，并主动承认错误、改正错误。如果员工认为公司的处理方式不合法或不合理，可以通过合法途径维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。

法律后果提示：

• 如果公司非法对员工进行罚款，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还罚款并可能获得相应的赔偿。
• 如果员工因违反公司制度而给公司造成损失，公司有权要求员工承担赔偿责任，但这种赔偿责任必须基于实际的损失和合理的计算方式。