针对您提出的“员工在别的单位缴纳社保但在您公司上班且工资由您公司发放是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、合法性分析
社保代缴的合规性：
- 根据《社会保险法》，用人单位确实有义务为员工缴纳社保。但在实际操作中，存在“社保代缴”的现象，即由非直接用工单位代为缴纳社保。
- 若代缴公司具备合法资质（如人力资源服务公司），并且双方（即您公司与代缴公司）签订了明确的协议，这种代缴行为通常被视为合规。然而，如果代缴公司不具备合法资质，或者双方未签订明确协议，这种行为可能涉嫌虚构劳动关系，从而违反法律。
- 需要注意的是，部分地区（如北京）已经明确禁止非劳动关系的社保代缴，违规操作可能导致罚款或补缴责任。
工资发放与社保分离的影响：
- 从税务角度来看，工资由您公司发放，而社保由另一家公司缴纳，需要确保个税申报与实际劳动关系一致。如果个税申报与实际劳动关系不符，可能被认定为偷税漏税。
- 从劳动关系认定的角度来看，如果发生争议，法院或仲裁机构可能会以实际用工情况（如工作地点、管理关系等）而非社保记录来判定劳动关系的归属。
二、操作建议与风险防范
协议规范化：
- 如果您公司选择通过代缴公司为员工缴纳社保，务必与代缴公司签订书面协议，明确双方的权利义务，包括费用承担、责任划分等。
- 协议中应注明“代缴性质”，以避免被认定为虚假劳动关系。
员工知情权保障：
- 您公司应通过书面通知或劳动合同补充条款告知员工社保代缴的安排，并获取员工的签字确认。
- 定期向员工提供社保缴费明细，以增强透明度并保障员工的知情权。
合规性审查：
- 定期咨询专业律师或人社部门，以了解最新的政策动态和合规要求。
- 对代缴公司进行资质审核，确保其具备《劳务派遣经营许可证》或《人力资源服务许可证》等合法资质。
三、争议处理指南
- 如果发生社保权益纠纷，员工可以向代缴地的社保机构投诉，要求补缴或转移社保关系。
- 如果发生劳动关系认定争议，仲裁委或法院将综合考勤记录、工资支付凭证、工作指令等证据来判断实际用工主体。
- 如果代缴行为被认定违法，您公司可能面临补缴社保、滞纳金及行政处罚等责任。
总结与建议
- 优先选择合规路径：如设立分支机构、使用劳务派遣等法定方式，以避免潜在的合规风险。
- 强化证据链管理：保存代缴协议、付款凭证、沟通记录等材料，以备不时之需。
- 关注政策变化：及时了解并适应政策变化，例如关注广东等地试点“灵活就业人员参保”政策等新途径，可能为合规操作提供新的选择。
综上所述，员工在别的单位缴纳社保但在您公司上班且工资由您公司发放的行为，其合法性取决于多种因素，包括代缴公司的资质、双方协议的明确性、税务和劳动关系的合规性等。因此，建议您公司在操作前进行充分的合规性审查，并咨询专业律师或人社部门的意见。